В последней трети XV в., с объединением многих русских земель вокруг Московского государства и его усилением, в Новгородской земле активизируется оппозиция великому князю Московскому. В 1470 г. в Новгороде взяли верх противники Москвы, в результате чего был заключен договор с польским королем Казимиром IV, по которому Новгород принимал королевского наместника, а король брал на себя обязательства защищать новгородскую независимость. Великий князь Московский Иван III обвинил новгородцев в том, что они «от христианства отступают к латынству» и совершил поход на Новгород. Пятитысячная московская рать разбила на реке Шелони сорокатысячное новгородское ополчение, и город был вынужден признать себя «отчиной князей Московских». Новгородцы дали обещание – «быть… от великих князей неотступным ни к кому», а великий князь со своей стороны обещал «держать Новгород в старине». В 1475 г., после жалоб новгородцев на злоупотребления боярства, Иван III совершил так называемый мирный поход в Новгород, во время которого вершил суд, проводил аресты руководителей пролитовской партии и закрепил «по старине» свои права, коими давно уже не пользовались новгородские князья.
В 1478 г., воспользовавшись противоречиями среди новгородцев, Иван III потребовал установления в Новгороде княжеской власти, «как есмы на Москве…». В ответ на отказ новгородцев расстаться со своими вольностями великий князь, собрав войско, подступил к городу и осадил его. Противоречия между отдельными группировками в городе снова обострились, и понимая невозможность успешного сопротивления, новгородцы сдались великому князю «целоваша крест на всей его воли», с условием «новгородской старине ни которой не быти, ни вечу, ни суду, ни посаднику, ни тысяцким» [Соловьев 1993, т. 5, с. 33]. Так Новгородское государство прекратило свое независимое существование, превратившись в часть Московской Руси.
Иван III, включив Новгород в состав Московского государства, начинает проводить активную внешнюю политику на Северо-Западе и укреплять рубежи на этом направлении. Одной из важных задач, намеченных великим князем, стало изменение установившейся с конца XII в. системы прибалтийской торговли, вынуждавшей русских купцов вести невыгодную торговлю с западноевропейскими государствами через посредничество прибалтийских и ганзейских городов. Иван III отказался признать условия Ореховецкого мира и потребовал от Швеции возвращения трех западно-карельских погостов с Выборгом.
В 1481 г. он начинает вторжение в Ливонию, а год спустя осаждает Выборг. В 1492 г. на Нарове была основана крепость Ивангород. Впервые предпринимается попытка создания русского морского порта с выходом на Балтику через устье Наровы. Тремя годами позже из-за постоянных конфликтов были разорваны отношения с Ганзой и в Новгороде закрыт ее торговый двор. Однако все эти меры не смогли привести к зарождению активной торговли русского купечества на Балтике, по причине его экономической слабости и отсутствия условий для мореплавания.
В 1493 г. Иван III заключил союзный договор с датским королем, а два года спустя, летом 1495 г., начал войну со Швецией за возвращение утраченных корельских земель. Однако осада Выборга, начавшаяся 8 сентября, закончилась неудачным штурмом 30 ноября. Русский отряд, захвативший одну из крепостных башен, погиб в результате ее пожара и взрыва, получившего название «Выборгский гром». В декабре осада крепости была снята. Шведам удалось внезапным нападением в 1496 г. на короткое время захватить Ивангород. В 1497 г. в Неве снова сконцентрировалось значительное количество ладей с загруженными в них пушками для похода на Нарву и в Ливонию. В 1502 г. здесь опять снарядили большой ладейный флот для транспортировки войск и вооружения к Нарве [Клейнберг 1958, с. 23]. Однако эти войны не привели ни к изменению границ, ни к переменам в уже сложившейся системе русской торговли в Балтийском регионе, которая велась через города Восточной Прибалтики: Ригу, Ревель, Нарву и Дерпт.
Присоединенные к Москве новгородские земли делились на пятины – пять регионов, не равноценных по площади и населению. Они носили названия: Шелонская, Водская, Обонежская, Деревская и Бежецкая. Время появления такого административно-территориального деления не совсем ясно, но, вероятно, оно возникло еще в годы новгородской независимости. Высказывалось мнение, что каждая из пятин была связана с одним из новгородских концов (городских районов) [Неволин 1853, с. 215–216]. Приневье входило в состав Водской пятины, получившей название от соседнего с ижорой племени водь, населявшего территорию Ижорского плато. В XVI в. по ее территории проходили ямские тракты, связывавшие Новгород с порубежными городами. Они совпадали в основном с магистральными дорогами, появившимся в предшествующий средневековый период [Голубцов 1950; Селин 2001] (рис. 69).