Но одновременно его все больше волнуют проблемы войны и мира. С одной стороны, его привлекают к задачам стратегии термоядерной войны, и он с ужасом обнаруживает, что в Генеральном штабе термоядерные взрывы присутствуют в будничных обсуждениях. С другой стороны, больше бывая в Москве, он начинает встречаться с людьми, которых, как и его самого, беспокоит моральная сторона жизни в нашем тоталитарном государстве, подавление свободы убеждений и выражения мнений. Шаг за шагом он пишет сначала телеграмму, потом письма руководителям нашего государства, но не получает ответов. Выступает на Общем собрании Академии наук СССР против избрания в академики Нуждина- ставленника Лысенко, и все более активно борется с лысенковской лженаукой. Год за годом в нем формируются убеждения, изложенные в 1968 г. в его знаменитых "Размышлениях о прогрессе, мирном сосуществовании и интеллектуальной свободе". Он рассылает этот труд руководству нашей страны, но получает в ответ не взаимопонимание, а ожесточенный отпор. За передачу труда за границу и публикацию в "Нью-Йорк Таймс" его лишают допуска к секретным работам и закрывают въезд в секретное КБ-11, где он проработал 20 лет и заслужил звание трижды Героя Соцтруда, академика и лауреата Сталинских и Ленинской премий.
Пренебрегая покоем и почестями, он, создатель страшного оружия массового уничтожения, поняв, что США и Советским Союзом создана реальная угроза уничтожения всего живого на Земле, отдает отныне все свои силы на защиту человечества от гибели. Он ясно видит конфронтацию Советского Союза с Западным миром и понимает, что в борьбе с партийной пропагандистской машиной он может достигнуть максимального, борясь за открытость общества, то есть за открытое выражение своих убеждений. На этом пути он надеется создать обстановку доверия Советскому Союзу в мировом обществе. Он входит в контакты с зарубежными журналистами, учеными, политическими деятелями. Пишет открытые письма вплоть до глав правительств, получает от них ободряющие ответы. Своими научными трудами, мужественной борьбой с реакционными силами внутри страны и правозащитной деятельностью завоевывает грандиозный всемирный авторитет.
Мы прекрасно знаем, что он вслух говорил то, что многие из нас думали и о чем делились мыслями только в узком кругу. Он возвысил свой голос против афганской войны и за это был сослан в Горький. Терпя бесконечные лишения, он не ожесточился. В его «Воспоминаниях», теперь широко известных, вы не найдете ни одной жалобы, ни одного резкого слова в адрес КГБ и правительства. Будучи патриотом и человеком высшей честности, он ни одним словом не разглашает секретов своей двадцатилетней работы над оружием, руководствуясь тем, что "я ведь дал расписку в сохранении тайны".
В этот период его деятельности я имел с ним только краткие встречи в первой половине 70-х гг. и после его возвращения в Москву из горьковской изоляции.
Он многое перенес, заметно состарился, но остался прежним в своей сути — контактным и дружелюбным. Мы видим, что проблема управляемого термоядерного синтеза, могущая стать решением задачи обеспечения человечества энергией на ближайшие столетия, заняла небольшую долю его жизни, пожалуй, лишь несколько месяцев в 1950–1952 гг. Вся остальная жизнь его была отдана решению других задач всемирного масштаба, давших ему бессмертную славу.
В своей книге "Горький, Москва и далее везде", вспоминая о сложностях личной жизни, он пишет в 1988 г.: