Советское правительство заявило в ответ о готовности обменяться послами. Обмен посольствами произошел в 1954 году. С этого периода отношения между странами стали активно развиваться, расширилось взаимовыгодное сотрудничество в политической, экономической, культурной и военной областях.
К этому времени между Индонезией и Нидерландами уже был подписан протокол (от 21 апреля 1953 года) о прекращении с конца 1953 года деятельности голландской военной миссии. Ее ликвидация означала полное прекращение голландского контроля над вооруженными силами страны.
В сентябре 1956 года было заключено первое генеральное соглашение. Советский Союз предоставил Индонезии кредит на сумму в 100 млн долларов для строительства важных народнохозяйственных объектов.
Однако, несмотря на ощутимую для страны помощь со стороны Советского Союза и других социалистических стран, обстановка в Индонезии продолжала оставаться сложной. Ярким проявлением кризиса существующей системы были начавшиеся с конца 1956 года мятежи на Внешних островах Индонезии.
20 декабря полковник Хусейн совершил военный переворот на Западной Суматре и взял власть в свои руки. 22 декабря последовал переворот полковника Симболона на Северной Суматре, который, однако, был подавлен через три дня сторонниками центрального правительства. А 24–26 декабря гражданский губернатор Южной Суматры фактически прервал экономические связи этой провинции с Явой.