Провинции должны решить: подчиняться существующей конституционной ассамблее, или новой (то есть войти в состав Пакистана). Бенгалия и Пенджаб должны решить, как вопрос о подчинении одной из ассамблей, так и вопрос раздела. Должны состояться плебисциты в населённом мусульманами районе Силхет в Ассаме, и в Северо-Западной пограничной провинции (где, несмотря на наличие мусульманского большинства населения, Мусульманская лига не контролировала правительства). 3 июня Маунтбеттен, Неру, Джинна и лидер сикхов Балдев Сингх[en] сделали совместное официальное заявление по радио.
Джинна – генерал-губернатор Пакистана
4 июля 1947 года Лиакат по поручению Джинны попросил Маунтбеттена рекомендовать Джинну королю Георгу VI на пост первого генерал-губернатора Пакистана.
Эта просьба разъярила Маунтбеттена, который сам рассчитывал стать генерал-губернатором и Индии, и Пакистана.
Однако Джинна полагал, что Маунтбеттен, благодаря тесным связям с Неру, будет более склонен поддерживать индуистов, чем мусульман. Кроме того, генерал-губернатор изначально становился очень важной фигурой, и Джинна не собирался уступать эту роль никому.
Хотя комиссия Рэдклиффа, которая должна была провести линию раздела, ещё продолжала работу, уже начались перемещения масс населения и вспышки насилия в отдельных местностях. Джинна продал дом в Бомбее и приобрёл новый в Карачи.
7 августа Джинна с сестрой и личным персоналом вылетел из Дели в Карачи на самолёте Маунтбеттена.
11 августа он председательствовал в Карачи на заседании новой конституционной ассамблеи, и обратился к ней с речью: «Вы – свободны: свободны ходить в свои храмы, свои мечети или любые другие места поклонения в государстве Пакистан. Вы можете принадлежать к любой конфессии или касте – это всё не имеет никакого касательства к государству
».14 августа была провозглашена независимость Пакистана, и Джинна руководил празднеством в Карачи.
Когда 17 августа были обнародованы карты с линией границы между Индией и Пакистаном, то многие люди узнали, что живут «не на той стороне», и начались массовые перемещения населения; эти подвижки затронули порядка 14,5 млн. человек.
Джинна, несмотря на то, что ему было уже за 70 и он болел туберкулёзом, делал всё, что мог, для тех восьми миллионов, которые мигрировали в Пакистан.
Он объехал весь Западный Пакистан, лично наблюдая за распределением помощи.
Джинна вместе с Лиакатом и Абдур Раб Ништаром, представлял Пакистан в Комиссии по разделу, которая должна была разделить между Индией и Пакистаном государственное имущество
.Предполагалось, что Пакистан получит одну шестую государственного имущества Британской Индии, однако новое индийское государство не спешило выполнять ранее достигнутые договорённости, надеясь на коллапс Пакистана и воссоединение с ушедшими провинциями.
Другой проблемой взаимоотношений двух молодых государств стала проблема бывших туземных княжеств, правители которых сами выбирали, в состав какого из государств им войти: власти Индии были разъярены, узнав, что Джинна уговаривал правителей Джодхпура, Бхопала и Индаура войти в состав Пакистана, хотя их владения не имели контакта с территорией Пакистана.
Однако главный конфликт возник из-за Кашмира
: когда в октябре 1947 года махараджа Кашмира подписал документ о вхождении княжества в состав Индии, и в Кашмир прибыли индийские войска, то Джинна отказался признать законность этих действий, и приказал пакистанской армии также войти в Кашмир, но возглавлявший пакистанский генеральный штаб британский генерал Дуглас Грэйсей отменил приказ, заявив, что не может отдать войскам приказ войти на территорию другого государства без подтверждения от своего вышестоящего начальства.В январе 1948 года Индия, наконец, согласилась выплатить Пакистану причитавшуюся ему долю финансов бывшей Британской Индии.
В марте Джинна, несмотря на ухудшающееся состояние здоровья, совершил свой единственный визит в Восточный Пакистан, где, обращаясь к 300-тысячной толпе, заявил, что единственным официальным языком Пакистана будет урду (в то время как население Восточного Пакистана говорило на бенгальском).
Последние месяцы жизни