Из повстанческих отрядов в сентябре 1918 года формируется 2-я Украинская советская дивизия, командиром которой в сентябре — декабре стал Владимир Ауссем. Дивизия в этот период вела бои с германскими, гетманскими и петлюровскими войсками за Рыльск, Коренево и другие населенные пункты. В декабре 1918 — январе 1919 года Ауссем служил начальником штаба в Украинской Советской армии, командовал Группой войск харьковского направления (январь — апрель 1919), затем был назначен членом РВС 8-й армии, где проработал около пяти месяцев. Сначала армия в боях с деникинцами отступала и вышла на рубеж Павловск — Старый Оскол. Но уже в августе в составе группы войск В. Селивачева 8-я армия участвовала в контрнаступлении Южного фронта, вышла к Харькову, однако вынуждена была отступить и закрепилась в районе Бобров — Новохоперск.
С декабря 1919 года Владимир Христианович служит в центральном аппарате военной разведки. В приказе по Региструпру Полевого штаба РВСР № 148 от 29 декабря сказано: «Прибывший в распоряжение Регистрационного управления из штаба 8-й армии член РВС Ауссем назначается начальником 2 отделения 1 отдела с 25/XII-19 г. с прикомандированием к Управлению». В январе 1920-го он назначается помощником, затем заместителем начальника Региструпра. За подписью Ауссема были объявлены Положение и Штат регистрационных отделений штабов армий, ставших «органом, ведущим тайную агентурную разведку и руководящим таковой в дивизиях и контролирующим ее».
16 февраля 1920 года В. Ауссем сообщил в приказе по Управлению, что «вступил в исполнение должности начальника Регистрационного управления» в соответствии с приказом РВСР по личному составу № 64 от 15 февраля. Но днем ранее — 14 февраля — он подписал приказ № 42 по Управлению в качестве его начальника. В этом документе был приведен Штат Региструпра с предусмотренными в нем четырьмя отделами: мобилизационный, оперативный (агентурный), информационный и хозяйственно-финансовый. Ближайшими помощниками Ауссема стали его заместитель Д. Ипполитов и начальник оперативного отдела — впоследствии видный военный разведчик А. Аппен.
Между тем ситуация на фронтах менялась, и в апреле 1920 года Владимир Христианович докладывал, что разведка в тылу белогвардейских войск «на окраинах» страны отпадает или сокращается до минимума одновременно с очищением этих окраин. На первое место выходит глубокая разведка в странах Западной Европы, Японии и Америки, рассматриваемых в качестве потенциальных противников. Начальник военной разведки не сомневался, что в осуществлении планов этих стран против советского государства будет использована и многочисленная русская эмиграция. Заграничная тайная разведка, как писал начальник Региструпра, значительно отличается от разведки в тылу белогвардейцев, она требует большого политического кругозора, знания языков и местных условий, для чего достаточно 10–20 человек из старой (дореволюционной) русской эмиграции, которым можно доверить связи Коминтерна. Но проблема в том, чтобы найти их и отправить в распоряжение Управления. Резолюция на документе гласит: «Тов. Ауссему необходимо помочь людьми, знающими тамошние условия и языки».
В июне 1920 года в Региструпре произошел неприятный инцидент, который, вероятно, и привел к смене начальника Управления. 7 июня член РВСР и член РВС Юго-Западного фронта Сталин отозвал на фронт начальника Региструпра Юго-Западного фронта Ф. Маркуса, помогавшего в организации работы Закордонному отделу ЦК КП(б) У. 8 июня один из руководителей Закордота Ф. Кон телеграфировал Ауссему: «Вчера тов. Сталин приказанием по телеграфу отозвал Маркуса с работы и дал ему другое назначение. Я по прямому проводу указал Сталину на то, что он разрушает с таким трудом налаженную работу, но на него не подействовало. Решительно протестуя против такого образа действий, я вместе с тем не могу не указать, что для успешной работы я должен быть уверен в том, что присылаемые в мое распоряжение товарищи не будут сняты с поста без моего ведома и согласия. Если это условие не может быть соблюдено, я прошу прислать мне заместителя, который согласится при таких условиях вести столь ответственную работу.