Оперативный отдел — составление общего и частных планов агентурных сетей, насаждение агентуры в соответствии с планами, разработка и распределение заданий между местными органами и отдельными агентами, общее и личное детальное инструктирование агентов и снабжение их всем необходимым, приглашение агентов на службу и сбор сведений от них. оценка полученных сведений, подбор и представление на утверждение РВСР «официальных, неофициальных и полуофициальных военных представителей». Последнее было новой обязанностью для Региструпра, раньше военнодипломатической работой занимался Всероссийский Главный штаб (ВГШ);
Информационный отдел — обработка и сводка полученных из различных источников сведений, обработка зарубежной и иностранной прессы и документов, издание различных сводок, направляемых по утвержденному начальником Региструпра перечню адресов;
Общий отдел — рассылка секретных пакетов Управления, ведение персонального учета сотрудников («открытых») и приказов по Региструпру, общее делопроизводство, хранение шифров и соответствующей переписки; отдел ведал также типографией и комендатурой;
Организационный отдел — учет и распределение открытых (легальных) ответственных работников Управления и подчиненных ему органов, организация новых и реорганизация по мере необходимости существующих низовых подразделений, контроль и координация их действий и периодическое инспектирование, разработка разного рода нормативных документов.
По сентябрьскому штату в Управлении было предусмотрено 327 сотрудников.
Осенью — зимой 1920–1921 годов в военную разведку приходят люди, имеющие опыт подпольной партийной и разведывательной или контрразведывательной работы. Среди них те, кто много сделал для организации деятельности Управления и немало лет проработал в центральном аппарате и за рубежом: помощник начальника управления А. Зейбот; начальник оперативного отдела Я. Берзин и его сотрудники Я. Биркенфельд. К. Звонарев, Н. Новицкий; начальник информационного отдела О. Дзенис и его сотрудники Я. Фрейман, С. Будкевич; начальник организационного отдела В. Груздуп и его сотрудники О. Стигга, Н. Мустафин и другие.
В феврале 1921 года Ленцман обратился к руководству РВСР с просьбой о выделении сумм, необходимых для дальнейшей работы Региструпра. Он заметил при этом, что принял Региструпр в августе 1920 года в нерабочем состоянии: если какие сведения и добывались, то только войсковой разведкой, причем из-за нескоординированности действий центра и его местных органов каждый действовал в меру своего понимания дела. Поэтому в Латвию, например, различные подразделения разведки заслали примерно 700 агентов, а в Грузию — не менее 500. Поскольку подходящих людей найти было трудно, то на агентурную работу за рубеж и в местные подразделения посылали кого придется. Ленцман утверждал, что среди агентов процветали пьянство, провокации и спекуляция. Теперь же (т. е. при нем) все изменилось — новые небольшие аппараты Региструпра (например, в Литве, Латвии, Эстонии, Германии и Польше) дают более ценную информацию, чем старые громоздкие организации.
К тому времени ПШ РВСР уже был объединен с Всероссийским Главным штабом, и на их основе образовался Штаб РККА — единый орган управления всеми Вооруженными силами Республики. Региструпр теперь преобразовывался в Разведывательное управление. В связи с этим 13 марта 1921 года Ян Ленцман передал на утверждение проект Положения и Штата Разведупра Штаба РККА, в составлении которого принял участие и начальник агентурного отдела Я. Берзин. Исходя из уже имевшегося опыта работы, разработчики проекта писали: «Начальники отделов и отделений должны быть особо выдающимися специалистами своего дела, хорошими организаторами и вполне надежными в политическом отношении»; «работа в отделе должна вестись непрерывно днем и ночью, поэтому необходимо, чтобы помощники начальников отделений могли сменяться»; «ввиду чрезвычайной трудности и ответственности работы, оплата труда начальников отделов и отделений и их помощников должна быть наивысшая; кроме того необходимо обеспечить этих сотрудников всеми видами довольствия и освободить их от всяких хозяйственных повинностей».
Но уже вскоре после этого Ленцман приказом РВСР по личному составу № 123 от 12 апреля 1921 года был освобожден от занимаемой должности из-за назначения на хозяйственные работы. 15 апреля он подал рапорт комиссару Штаба РККА К. Данишевскому: «Доношу, что согласно распоряжения Ц.К. Р.К.П. и согласно распоряжения Зампредреввоенсовета Республики тов. Склянского сдал дела Регистрационного Управления моему помощнику тов. Зейботу и сего числа отправляюсь в Петроград для поступления на новую должность Нач. Петроградского Торгового Порта».