Первое открытое столкновение между ФПО и юденратом произошло во время так называемого «дела Витенберга». В конце июня 1943 г. полиция безопасности напала на след городского комитета коммунистической партии и арестовала его членов, включая Витаса. Под пытками один из арестованных рассказал о связи с Витенбергом и о нелегальной типографии в гетто. Полиция потребовала от юденрата выдать Витенберга и угрожала в случае отказа ликвидировать гетто (о существовании ФПО и о том, что Витенберг был ее руководителем, немцам известно не было). Вечером 15 июля 1943 г. Генс арестовал Витенберга и передал его литовской полиции. По дороге к воротам гетто боевики ФПО напали на полицейских и освободили Витенберга. Назавтра все члены организации забаррикадировались в одном из кварталов гетто, предполагая, что за арестом Витенберга последует разгром всей ФПО. После того как Генс объяснил положение жителям гетто, множество взволнованных евреев, вооруженных палками и камнями, окружили дома, где находились члены ФПО, и потребовали выдать Витенберга, утверждая, что нельзя рисковать жизнью 20 тыс. жителей гетто ради одного человека, тем более связанного с компартией вне гетто. Члены ФПО оказались перед выбором: действовать против евреев с оружием в руках или выдать Витенберга; руководство решило, что в создавшемся положении он должен сдаться сам. Восстание против немцев в этой ситуации противоречило концепции ФПО, в боевом уставе которой (апрель 1943 г.) было написано:
Организация ФПО вступит в бой в случае угрозы для всего гетто. … ФПО не начнет сражение ради защиты жизни одного еврея. … В таком случае еврейское общество осудило бы нас как провокаторов, и мы вступили бы в братоубийственную войну [Корчак 1965: 146].
Витенберг сдался, и на следующий день после ареста его нашли в камере мертвым: он отравился цианистым калием [Арад 1976а: 311–315; Резник 2003: 121–123].
После смерти Витенберга руководителем ФПО стал Абба Ковнер. Вследствие позиции, занятой обитателями гетто в «деле Витенберга», встал вопрос: откликнется ли гетто на призыв ФПО к восстанию, когда придет день ликвидации гетто. Руководство ФПО решило, что организация продолжит ориентироваться на восстание и одновременно пошлет в лес своих людей во главе с Глазманом для создания там партизанской базы, куда придут подпольщики после восстания в гетто. 24 июля 1943 г. Глазман с 21 членом ФПО ушли в Нарочские леса [Арад 1976а: 316–319].
В конце июля в Вильнюсе появилась еврейка Геся Глазер (псевдоним «Альбина»), парашютистка, посланная из Москвы. Она принадлежала к оперативной группе литовских советских партизан под руководством Мотеюса Шумаускаса, база которых находилась в Нарочских лесах. Ее целью была помощь в восстановлении коммунистического подполья, разрушенного после ареста и казни Витас-Валунаса. Глазер передала штабу ФПО мнение партизанского командования, что нужно уходить в леса и воевать там [Палецкис и др. 1966: 244–245].
1 сентября 1943 г. гетто было окружено немцами; от юденрата потребовали предоставить 5 000 евреев для высылки в Эстонию. Штаб ФПО решил, что начинается ликвидация гетто, и отдал приказ о мобилизации подпольщиков, которые сосредоточились в двух батальонах; группу людей послали извлечь оружие из тайного склада. Вследствие доноса 2-й батальон, около 100 человек, внезапно был окружен немецкими и эстонскими силами до получения оружия и выведен за пределы гетто. Части боевиков удалось бежать и соединиться с 1-м батальоном, вооруженным и готовым воевать на баррикадах на улице Страшунь. ФПО распространила среди обитателей гетто листовки, разъяснявшие, что людей посылают не на работы в Эстонию, а на смерть в Понары, и призывавшие присоединяться к боевикам для сопротивления немцам. После того как юденрат не справился со сбором людей, в гетто вошли немецкие и эстонские солдаты, и начались облавы. По ним открыли огонь с позиции ФПО под командованием Иехиеля Шейнбойма, который погиб в перестрелке с немцами. С наступлением темноты солдаты были вынуждены покинуть гетто.