Что касается вылетов на разведку, то правильнее их было бы назвать вылетами на «свободную охоту», так как редко когда летчики возвращались с полным боекомплектом — ведь именно через пустыню Регистан шли все основные караванные пути доставки моджахедам оружия и боеприпасов и целей для атаки всегда хватало.
В обязательном порядке для дежурства по системе ПВО каждый день выделялась четверка МиГ-23МЛ. Необходимость в этом была, так как рядом находилась пакистанская авиабаза Кветта, где базировались F-16. Хотя встреч в воздухе летчики смены не отмечали, тем не менее на экранах РЛС противника фиксировали постоянно.
Практически два месяца напряженных боевых вылетов прошли без особых инцидентов, и только 4 августа 1986 г. отмечено серьезным инцидентом. В тот день звено управления выполняло боевые вылеты на БШУ. После второго вылета у замполита эскадрильи капитана С.И. Бутеску произошел технический отказ одной из систем, и в третий боевой полет он пошел на запасной машине (это был все тот же злосчастный восстановленный борт № 53). Удар советские летчики наносили в районе населенного пункта Калат в горном ущелье в 120 км от аэродрома. После сброса бомб летчик выполнил первый отстрел тепловых ловушек и почувствовал удар по фюзеляжу самолета. Посмотрев в перископ фонаря кабины, Бутеску увидел огромный хвост огня, примерно в два раза длиннее фюзеляжа самолета. Согласно инструкции, он убрал РУД на малый газ, доложил командиру о пожаре и вышел из боевого порядка. До аэродрома тянул на минимально возможных оборотах и выключил двигатель на подходе к посадочной полосе.
Все прошло благополучно, и на этот раз причину пожара удалось установить — отсутствовал обратный клапан в подфюзеляжном топливном пилоне (списали на заводской дефект). А тепловые ловушки устанавливались как раз в этом пилоне. Стоит сказать, что в дальнейшем самолет был восстановлен и успешно летал. За грамотные и решительные действия по спасению самолета С.И. Бутеску был представлен к награждению орденом Красной Звезды.
Весь осенне-зимний период 1986/87 г. прошел для летчиков полка относительно спокойно. Единственным серьезным потрясением стал обстрел аэродрома в ночь с 27 на 28 января 1987 г. За час (примерно с 01:00 до 02:00) аэродрому был нанесен серьезный урон. Что касается территории жилого городка, то там упала только одна мина и та примерно в 20 м от жилого модуля.
Особенно досталось дежурному звену, которое располагалось на открытой площадке. Несколько самолетов были повреждены осколками, в том числе и многострадальный МиГ-23МЛ с бортовым № 53. Кроме того, была разбита кабина машины АПА-5, а на складах ГСМ возник серьезный пожар.
После ночного обстрела были приняты меры по обеспечению безопасности военнослужащих и сохранению военной техники. В течение двух дней было выкопано и оборудовано бомбоубежище для дежурного звена, а также насыпаны обвалования для самолетов в дежурном звене.
Начало марта 1987 г. было отмечено столкновением сразу двух истребителей. На взлете пары из-за отказа механизма разворота переднего колеса самолет ведущего повело на самолет ведомого. В итоге ведомый въехал под крыло ведущего, причем при ударе был деформирован фонарь кабины. Взлет был прекращен, летчик ведомой машины получил травму шеи и до конца командировки больше не летал. Как и в предыдущих случаях, обе машины позже были восстановлены, и в мае 1987 г. летчики Н. Кузяк и М. Ратс перегнали их на аэродром Мары. Тут в это время проходила подготовку к боевым действиям в ДРА вторая смена 979-го иап. Именно им передали восстановленные самолеты, взамен получив полностью исправные.
Интересно, что пребывание смены в Афганистане отмечено и одной воздушной победой — в конце февраля 1987 г. капитан А. Новиков по наведению с КП ночью сбил над пустыней Регистан транспортный вертолет «Чинук» иранских ВВС. После подтверждения воздушной победы летчик был представлен к награждению орденом Красной Звезды.
Досаждал летчикам и огонь с земли. Так, во время апрельской операции по зачистке кандагарской «зеленки» был обстрелян один из самолетов. Капитан Ионкин на самолете с бортовым № 31 наносил удар последним из шестерки, поэтому моджахеды уже пришли в себя и открыли огонь из зенитной горной установки (ЗГУ). На выходе из пикирования примерно на высоте 1500 м снаряд попал в металлическую часть фонаря кабины над головой летчика и взорвался. В результате осколки вошли в заголовник кресла и частично в спину летчика. Кроме того, на спину полетел поток мелких осколков оргстекла фонаря. От неминуемой смерти летчика спас ЗШ и то, что во время вывода из пикирования летчик смотрел на самолет ведущего и его голова не находилась в районе заголовника. Капитан Ионкин вернулся на аэродром весь залитый кровью. Однако, несмотря на это, раны оказались неглубокими и в госпиталь его не отправили, просто продезинфицировали на месте.
27 мая 1987 г. в ДРА прибыла вторая смена 979-го иап. Как это было принято, некоторое время в Кандагаре проживали сразу две смены полка, что вызвало определенные бытовые неудобства.