Чувство разочарования у Сталина вызвало решение польского «лондонского» правительства летом 1942 года о выводе с территории СССР в Иран формировавшихся частей Войска Польского. По мнению советского руководства это явилось грубейшим нарушением соглашения, подписанного 30 июля 1941 года в Лондоне советским послом И.М. Майским и премьер-министром Польши генералом Владиславом Сикорским. В соответствии с соглашением СССР признавал утратившими силу договоры 1939 года с Германией, касающиеся территориальных перемен в Польше, восстанавливал дипломатические отношения с польским эмигрантским правительством, давал согласие на формирование польских соединений в пределах СССР. К соглашению был приложен протокол об амнистии польским гражданам, находившихся в советских тюрьмах и лагерях.
Однако в самый тяжелый для СССР момент, когда гитлеровские войска подходили к Сталинграду, когда Красная армия испытывала острый недостаток в оружии, боеприпасах, продовольствии и обмундировании, из СССР в Иран ушла вооруженная и обмундированная 80-тысячная армия генерала Владислава Андерса, а с нею 37 тысяч гражданских лиц.
В середине апреля 1943 г. германские власти разместили в средствах массовой информации сведения об обнаруженном в Катынском лесу близ Смоленска массовом захоронении польских офицеров, расстрелянных НКВД весной 1940 г. Правительство Сикорского обратилось в Международный Красный Крест с просьбой о расследовании этого факта. Сталина возмутила не сама информация, а шаги поляков, в результате которых к расследованию были привлечены фашистские оккупационные власти. В гневном послании Черчиллю от 21 апреля 1943 г. он писал:
«Лондонское» польское правительство, не считаясь с реальностью, продолжало требовать от своих представителей на освобожденных Красной армией территориях Польши немедленно брать власть в свои руки, а в Виленском крае – не подчиняться создаваемым органам власти Советской Литвы, формировать польские органы местной власти, полицию, органы безопасности, подчинённые Лондону. По сути, оно призывало поляков к гражданской войне в тылу воюющей Красной армии. Главнокомандующий АК генерал Сосновский в директиве от 7 июля 1944 г., направленной из Лондона командующему АК в Польше генералу Бур-Комаровскому, следующим образом определял политику «лондонского» эмигрантского правительства по отношению к советской власти и командованию Красной армии:
В соответствии с данной директивой на освобожденных территориях Польши и Литвы был организован саботаж. Подразделения АК разгоняли военкоматы, создавали местные органы власти, бойкотировавшие сотрудничество с командованием Красной армии, собирали и складировали оружие и боеприпасы, оставшиеся от гитлеровской армии, самовольно устанавливали систему налогообложения местного населения. В Вильнюсе и Вильнюсском крае повсеместно на публичных зданиях демонстративно вывешивались польские национальные флаги.