Противодействие операции "Скрепка" набирало обороты среди научной элиты Америки. 1 февраля 1947 г. Федерация американских ученых (FAS) собралась в Нью-Йорке, чтобы обратиться к президенту Трумэну с просьбой положить ей конец. Американские ученые рассматривали программу нацистских ученых как "радикальный шаг в поисках военной мощи". Когда стало известно, что некоторые из тысячи дополнительных немецких ученых, включенных в рекрутинговый список Paperclip, были наняты для краткосрочной военной работы с последующим получением долгосрочных должностей в американских университетах, многие были возмущены . "Разумеется, не желая ставить под угрозу законные потребности национальной обороны и не выступая за политику ненависти и мести к нашим бывшим врагам, мы, тем не менее, считаем, что широкомасштабный импорт немецких ученых... не соответствует лучшим целям американской внутренней и внешней политики", - писали члены FAS. Один из американских ученых был более откровенен. "Конечно, любой человек, который может переходить от одной идеалогии [sic] к другой при перемене талона на питание, не лучше Иуды!" - заявил он.
Альберт Эйнштейн был самым уважаемым человеком, публично осудившим операцию "Скрепка". В проникновенном письме, написанном от имени своих коллег по FAS, Эйнштейн обратился непосредственно к президенту Трумэну. "Мы считаем этих людей потенциально опасными.... Их бывшая известность как членов и сторонников нацистской партии ставит вопрос об их пригодности стать американскими гражданами и занимать ключевые посты в американских промышленных, научных и образовательных учреждениях".
Другой важной фигурой среди оппозиции был физик-ядерщик Ганс Бете. Бете бежал из нацистской Германии в 1933 году и во время войны работал над Манхэттенским проектом. В журнале Bulletin of the Atomic Scientists Бете и его коллега из Корнельского университета доктор Анри Сак поставили ряд простых вопросов об операции "Скрепка". "Было ли разумно или даже совместимо с нашими моральными нормами заключать эту сделку в свете того, что многие немцы, возможно, большинство, были убежденными нацистами?" спросили Бете и Сак. "Означает ли тот факт, что немцы могут сэкономить для страны миллионы долларов, что постоянное место жительства и гражданство можно купить? Могли ли Соединенные Штаты рассчитывать на то, что [немецкие ученые] будут работать на благо мира, когда их внушенная ненависть к русским могла способствовать усилению разногласий между великими державами? Неужели война была развязана для того, чтобы нацистская идеология проникла в наши образовательные и научные учреждения с черного хода?" Последний вопрос бил в самое сердце нацистской научной программы. "Нужна ли нам наука любой ценой?"
Осуждение операции "Скрепка" этими и другими ведущими американскими учеными вызвало широкий резонанс в обществе. Репортеры начали искать информацию о деятельности отдельных немецких ученых в военное время, но это оказалось практически невозможным, учитывая засекреченный характер программы. Разочарованные отсутствием информации, некоторые американцы отправили письма с угрозами , адресованные немецким ученым в Райт-Филд и Форт-Блисс. Армия усилила охрану и наблюдение. Военное министерство в Вашингтоне было справедливо обеспокоено тем, что активное противодействие и плохая реклама поставили всю программу под угрозу срыва, и зимой 1947 г. запретило дальнейшее распространение информации о программе.
Несмотря на все меры предосторожности, два человека, участвовавшие в программе в Форт-Блиссе, были разоблачены разгневанной общественностью как "настоящие нацисты": Мистер и миссис Герберт Аксстер. Герберт Аксстер, бывший подполковник вермахта, был членом нацистской партии с 1940 года. Он был не ученым, а патентным поверенным и бухгалтером. В Пеенемюнде он работал начальником штаба генерала Дорнбергера. Его жена, Ильза Аксстер, возглавляла женскую организацию нацистской партии NS-Frauenschaft. В ходе обычного расследования, проводившегося в отношении Аксстеров для получения визы, соседи по дому в Германии сообщили офицерам армейской разведки , что госпожа Аксстер была особо садистской нацисткой. По словам соседей, в поместье Аксстеров супруги содержали сорок "политических заключенных", русских и поляков, которых они использовали в качестве рабской рабочей силы. Соседи рассказывали, что миссис Аксстер, как известно, применяла к своим слугам хлыст. Эта информация была передана сначала раввину Стивену Уайзу из Американского еврейского конгресса, а затем попала в прессу. "Предполагается, что эти ученые и их семьи были "проверены", - писал Вайз в Военный департамент . Аксстеры доказывают, что эта "проверка" - фарс, а "проверяющие" военного министерства совершенно неспособны выполнить эту задачу". Министерство юстиции отозвало заявление Герберта Аксстера на легальную иммиграцию, но Аксстеры не были отправлены домой. В конце концов, они покинули Форт Блисс, и Герберт Аксстер открыл юридическую фирму в Милуоки, штат Висконсин.