Макклой был сторонником программы нацистских ученых с первых дней ее реализации, еще поздней весной 1945 г., когда он занимал пост помощника военного министра. В то время он также был председателем Координационного комитета "Государство - Война - Флот", что позволило ему принимать первые решения о судьбе программы. Макклой был государственным деятелем и юристом, но он был и экономистом. В период между работой в качестве помощника военного министра и верховного комиссара Германии он был президентом Всемирного банка. Его работа в этом банке пришлась на критический период его ранней истории. В литературе Всемирного банка Макклой упоминается как , "определивший отношения между Банком и Организацией Объединенных Наций, Банком и США". Теперь он вернулся на государственную службу в качестве дипломата, приехав в Германию, чтобы занять место генерала Люциуса Д. Клея, покидающего пост главы ОМГУС. Джон Дж. Макклой был невысоким, пухлым человеком, лысеющим, с бравадой банкира. На публике он почти всегда был одет в строгий костюм. В качестве верховного комиссара он путешествовал по Германии на личном дизельном поезде , принадлежавшем Адольфу Гитлеру . Несмотря на то, что власть официально перешла к новому гражданскому правительству Западной Германии, возглавляемому канцлером Конрадом Аденауэром, Макклой продолжал отвечать за многие аспекты правопорядка в Германии, поскольку Западная Германия вновь становилась суверенным государством. Одной из областей, которая была абсолютно неподсудна канцлеру Аденауэру, были узники Ландсберга. Несколько сотен из этих осужденных военных преступников уже были повешены во дворе Ландсберга. Еще 86 заключенным грозила смерть. Когда Макклой вступил в должность верховного комиссара, риторика вокруг узников Ландсберга достигла апогея. Многие немцы требовали освобождения заключенных.
В ноябре 1949 г. группа немецких юристов, связанных с промышленниками из компании "Фарбен", включая Отто Амброса, попросила о встрече с Джоном Дж. Макклоем в его офисе, расположенном в бывшем здании "ИГ Фарбен" во Франкфурте. Здание IG Farben было захвачено армией США, когда войска вошли во Франкфурт в марте 1945 г., и с тех пор служило домом для армии США и различных американских правительственных организаций. Из окон огромного комплекса - крупнейшего офисного здания в Европе до 1950-х годов - открывался панорамный вид на Франкфурт, а также парковые зоны, спортивная площадка и пруд. В августе 1949 г. ОМГУС перенес свою штаб-квартиру из Берлина во Франкфурт, а вскоре после этого в комплексе IG Farben разместилась штаб-квартира верховного комиссара США. В сентябре 1949 года на сайте Макклой поселился в . На протяжении всей холодной войны в здании IG Farben находился офис ЦРУ. Оно располагалось несколькими этажами и дверями ниже офиса Макклоя.
Для американского гражданского лица, управлявшего оккупированной Германией , это было опасное время. Советский Союз только что взорвал свою первую атомную бомбу, на много лет раньше, чем прогнозировало ЦРУ. Вооруженные силы США находились в состоянии повышенной боевой готовности, и, пожалуй, нигде не было такого напряжения, как в Западной Германии. Во время ноябрьской встречи в офисе Макклоя в комплексе IG Farben немецкие юристы заявили Макклою, что если Западная Германия и США собираются двигаться вперед единым фронтом против коммунистической угрозы, то необходимо что-то сделать с заключенными в Ландсберге. По словам адвокатов, эти заключенные единодушно рассматривались немцами как "политические заключенные", и они сказали Макклою, что он должен помиловать их всех.
После встречи Макклой направил в юридический отдел Верховной комиссии союзников служебную записку с вопросом о том, имеет ли он, как верховный комиссар США, право пересматривать приговоры "после вынесения их военным трибуналом". В юридическом отделе ему ответили, что в отношении ландсбергских военных преступников он имеет право делать все, что считает нужным. В Америке Телфорд Тейлор, бывший генеральный прокурор Нюрнберга, узнав о том, что происходит в офисе верховного комиссара во Франкфурте, был возмущен. Он написал Макклою письмо, в котором напомнил, что нацистские военные преступники в Ландсберге "без сомнения, являются одними из самых преднамеренных, бесстыдных убийц всего Нюрнбергского списка, и любая идея о дальнейшем помиловании по их делам кажется мне не подлежащей обсуждению". По словам биографа Макклоя Кая Берда, Макклой так и не ответил на письмо .