После того как фон Браун переехал из Пеенемюнде в горы Гарц, он получил повышение по службе . Теперь он возглавлял так называемое Управление планирования "Миттельбау-Дора" - подразделение СС Гиммлера. Фон Браун жил в нескольких милях от комплекса Нордхаузен, на вилле, конфискованной у еврейского владельца фабрики за несколько лет до этого. Каждый день он ездил в свой офис в Бляйхероде, расположенный в одиннадцати милях от тоннельного комплекса, где разрабатывал проекты новых, более совершенных испытательных стендов и пусковых рамп для V-2 . Несмотря на то, что война была проиграна, в районе строились новые оружейные заводы, " вырытые рабочими из сорока с лишним подлагерей, которые теперь были связаны с Миттельбау-Дора", - поясняет Майкл Нойфельд. В планах фон Брауна было увеличить производство ракет с двух-трех ракет в день до двухсот ракет в день. Чтобы подготовиться к этому амбициозному расширению, захватил фабрики, школы и шахты по всему региону. Но сборка ракет зависела от рабочих, а рабы в Нордхаузене теперь умирали все быстрее и быстрее. Фон Браун должен был знать об этом: зимой 1945 года он десять раз посещал подземные туннели в официальном качестве.
Истощенным рабам, которым удалось остаться в живых, собирать ракеты в грязных недостроенных тоннелях без еды, воды и канализации в зимнюю стужу становилось все труднее, и это отражалось на их работе. В небе над Европой эти наспех сконструированные ракеты начали разваливаться в полете. А в сосновых лесах северной Германии, в том числе и в окрестностях замка Варлар, собранные на скорую руку ракеты взрывались на своих передвижных стартовых площадках. Руководители компании Mittelwerk заподозрили саботаж. Чтобы дать понять , были организованы публичные повешения.
"За один день вешали до 57 заключенных", - говорится в одном из отчетов о военных преступлениях . "Их вешали в туннелях с помощью крана с электрическим управлением, по дюжине за раз, руки связывали за спиной, в рот засовывали кусок дерева... чтобы не кричали". Подвешивание происходило прямо над линиями по производству V-2. Рабочие были вынуждены наблюдать за мучительно медленной смертью своих товарищей. В знак солидарности группа русских и украинских заключенных устроила восстание. Подозреваемые были схвачены. Руководство "Миттельверка" и охранники СС решили сделать из них пример. После повешения их тела оставались висеть в течение суток. Только после того, как Артур Рудольф, директор по производству компании Mittelwerk, получил записку от одного из своих немецких инженеров с вопросом о том, когда они получат свой кран обратно , тела были сняты.
Помимо того, что фон Брауна недавно повысили до начальника планового отдела "Миттельбау-Дора", он также получил звание штурмбаннфюрера СС, или майора СС. Одной из привилегий , прилагавшихся к этой должности, был автомобиль с шофером для перевозки фон Брауна туда и обратно между Нордхаузеном и Берлином. Именно на заднем сиденье этого автомобиля в ночь на 12 марта 1945 г. фон Браун едва не погиб. Водитель, мчавшийся по автобану в сторону Берлина, задремал за рулем. Машина съехала с дороги и покатилась вниз по сорокафутовой насыпи, пока не упала на бок возле железнодорожного полотна. Водитель потерял сознание. Фон Браун сломал руку. Оба мужчины лежали, истекая кровью, в холодной темной ночи, когда двое коллег фон Брауна из Нордхаузена - конструктор Бернхард Тессманн и архитектор Ханнес Люрсен - случайно проезжали мимо и заметили разбитую машину. Они вызвали военную машину скорой помощи, которая прибыла на место происшествия и доставила фон Брауна и его водителя в больницу.
Во время лечения фон Брауна навестили его личный помощник Дитер Хузель и Бернхард Тессманн, один из тех, кто спас фон Брауну жизнь. Тессманн и Хузель сообщили фон Брауну, что прибытие американской армии неминуемо. Со дня на день, по их словам, операции с V-2 будут прекращены. Ходили слухи, что каждый человек, не считающийся ценным ученым, отправляется на , где его определяют в пехотное подразделение, вручают оружие и приказывают сражаться с американцами на передовой.
Фон Браун был готов признать, что Германия проиграет войну. Но он не хотел отказываться от своей карьеры. Ему нужен был козырь, который можно было бы использовать против американцев после того, как он попадет в плен. Фон Браун рассказал Тессману и Хузелю, где он хранит самые ценные секретные документы по V-2. Поскольку фон Браун был прикован к постели, ему нужно было, чтобы два его подчиненных упаковали эти документы и спрятали их в отдаленном и надежном месте, где союзники никогда бы не нашли их самостоятельно. Фон Браун сказал Тессману и Хузелю, что если они смогут это сделать, то будут включены в будущие переговоры фон Брауна с союзниками. Генерал Дорнбергер также войдет в состав команды. Фон Браун сказал Тессману и Хьюзелу, что он лично введет генерала в курс дела.