С ноября квартира Хаагена в Страсбурге служила штаб-квартирой Alsos. Не обошлось и без задержек. В декабре из-за контрнаступления гитлеровских войск в Арденнском лесу ученые "Алсос" не смогли проводить запланированные фронтовые операции. Но по счастливой случайности весь первый этаж под страсбургской квартирой Хаагена принадлежал компании IG Farben , основному поставщику химического оружия для Третьего рейха, и Alsos захватила значительный тайник с документами, хранившимися там. Алсос знал, что компания Farben участвует в исследованиях вакцин, связанных с оружием , и подозревал, что она участвует в медицинских экспериментах над заключенными. Два завода Farben, которые попали в поле их зрения, находились всего в восьмидесяти милях от города, в немецких городах Людвигсхафен и Мангейм. Для этого в рамках операции "Алсос" была сформирована самая большая на сегодняшний день оперативная группа : десять гражданских ученых, шесть военных ученых и восемнадцать операторов безопасности. Но самостоятельно лезть на территорию, контролируемую немцами, американские ученые посчитали слишком опасным. Они ждали, когда войска союзников перейдут через Рейн на территорию Германии, и тогда их тоже пропустят. Теперь, на третьей неделе марта 1945 года, долгожданная переправа казалась неизбежной.
23 марта 1945 года британский фельдмаршал Бернард Монтгомери начал колоссальное наступление войск через реку Рейн, получившее кодовое название "Операция "Разграбление". Дополнением к одноименному подтексту захвата и грабежа стали знаменитые слова Монтгомери : "Через Рейн, значит, пойдем. И удачной охоты вам всем на той стороне". Разграбление побежденной страны в конце войны было таким же старым, как и сама война, но Гаагские конвенции 1899 и 1907 гг. запрещали грабеж, кроме символических предметов, заявленных как "военные трофеи". Что именно имел в виду Монтгомери? На тактическом уровне переход через реку Рейн означал, что союзники вскроют более пятисот миль западного фронта. С точки зрения сбора разведывательной информации, действительно означал грабеж .
Когда солдаты продвигались в Германию, их сопровождали более трех тысяч научных и технических экспертов из Объединенного подкомитета по разведывательным целям (Combined Intelligence Objectives Subcommittee, или CIOS) - совместной британо-американской программы, созданной в Лондоне летом предыдущего года. Группы CIOS отчитывались перед Верховным штабом союзных экспедиционных сил (Supreme Headquarters Allied Expeditionary Forces, SHAEF), расположенным в Версале и укомплектованным экспертами: учеными, инженерами, врачами и техниками в сопровождении лингвистов и ученых для перевода и интерпретации захваченных документов. США представляли сотрудники Генерального штаба Военного министерства, военно-морского флота, ВВС армии, Государственного департамента, Внешнеэкономического управления , Управления стратегических служб (OSS) и Управления научных исследований и разработок. Британцы направили экспертов из Министерства иностранных дел, Адмиралтейства, Министерства авиации, Министерства снабжения, авиационного производства, экономической войны, топлива и энергетики. Все сотрудники CIOS работали по спискам целей, аналогичным тем, что использовались Alsos, которые стали известны как "черные списки" . Из зоны боевых действий в SHAEF поступали запросы с фронта о выделении конкретных групп CIOS. Соответствующая группа CIOS отправлялась на место.
В помощь командам CIOS были созданы силы безопасности под названием T-Forces, опознаваемые по каскам с ярко-красным T на передней части. Эти небольшие эскадроны элитных солдат действовали на уровне армейской группы, но независимо от традиционных боевых подразделений. В их задачу входило распознавание потенциально ценных научных объектов и их охрана до прибытия сотрудников CIOS.
Задачей подкомитета Combined Intelligence Objectives было изучение всего, что связано с немецкой наукой. Цели были самые разнообразные: радары, ракеты, самолеты, медицина, бомбы и взрыватели, лаборатории по производству химического и биологического оружия. И хотя CIOS оставался официальным совместным предприятием, в нем были и другие группы с конкурирующими интересами.