Во время допроса в Сан-Хосе в 1982 г. три адвоката Министерства юстиции представили Рудольфу чертеж, сделанный его бывшими коллегами по Нордхаузену из Форт-Блисса - инженерами-ракетчиками Гюнтером Хауколем, Рудольфом Шлидтом, Гансом Палаоро и Эрихом Боллом. Этот чертеж, иллюстрирующий расположение тоннелей, был использован в качестве доказательства на процессе по делу Дора-Нордхаузена. Адвокаты Министерства юстиции обратили внимание Рудольфа на четкую пунктирную линию, обозначенную как "Путь тележки подвесного крана, на которой были повешены люди". Пунктирная линия проходила прямо мимо офиса Рудольфа, что говорит о том, что Рудольф не мог не видеть повешения. Адвокаты спросили, почему он солгал. Они также спросили Рудольфа о показаниях на процессе Дора-Нордхаузена в 1947 г., из которых следовало, что в тоннельном комплексе Миттельверк он ежедневно получал "отчеты о численности заключенных, в которых указывалось количество заключенных, готовых к работе, количество "вновь прибывших" и количество людей, выбывших по болезни или смерти". "По их словам, очевидно, что Рудольф знал, что людей обрабатывают до смерти и заменяют свежими телами из концлагеря Дора-Нордхаузен.
Вернувшись в Вашингтон, Министерство юстиции подготовило свое дело. Через четыре месяца, 4 февраля 1983 г., в отеле San Jose Hyatt состоялась вторая встреча, и вскоре после нее Рудольф получил по почте письмо из Министерства юстиции. "Определенные предварительные решения уже приняты", - писал Нил Шер. "Я готов обсудить эти решения, а также собранные к настоящему времени доказательства с адвокатом, уполномоченным представлять ваши интересы".
Правительство заявило о намерении продолжить дело против Артура Рудольфа, "показав, что г-н Рудольф обеспечивал рабскую систему труда в компании Mittelbau [Миттельверк] и помогал передавать сообщения о диверсиях в СС". По словам представителей Министерства юстиции, у Артура Рудольфа было два варианта действий. Он может нанять адвоката и готовиться к суду, либо отказаться от гражданства США и немедленно покинуть страну.
Спустя 38 лет после приезда в Америку в рамках операции "Скрепка" Артур Рудольф покинул США 27 марта 1984 года. Нил Шер встретил Артура Рудольфа в международном аэропорту Сан-Франциско и проследил за тем, чтобы он сел в самолет.
Прошло еще семь месяцев, прежде чем Министерство юстиции обнародовало информацию о том, что Артур Рудольф отказался от своего гражданства, чтобы избежать суда над военными преступниками. Когда его попросили прокомментировать это, Эли Розенбаум сказал, что Артур Рудольф способствовал "гибели тысяч рабов". Но при этом Розенбаум отметил, что больше всего его удивляет "почти невероятная черствость и пренебрежение к человеческой жизни" Рудольфа. Эта история стала главной новостью во всем мире.
Некоторые люди, связанные с NASA и другими государственными программами, связанными с ракетостроением, оставались убежденными сторонниками Артура Рудольфа, называя действия Министерства юстиции против него "охотой на ведьм". Один из главных сторонников Рудольфа , Хью Макинниш, инженер Стратегического оборонного командования армии США, помогал продвигать идею о том, что Рудольф, Дорнбергер и фон Браун во время войны сталкивались с членами СС и пытались добиться улучшения условий труда для рабского персонала. "К утверждениям их защитников следует относиться с величайшим скептицизмом, тем более что нет ни одного документа , который бы их подтверждал", - говорит Майкл Нойфельд. " У меня практически нет сомнений в том, что Рудольф был глубоко замешан". Разоблачение Рудольфа вызвало живой интерес к тому, как Артур Рудольф вообще оказался в Америке. Это стало поворотным пунктом в тайной истории операции "Скрепка".