В отличие от оправдательного приговора прекращение уголовных дел по нереабилитирующим основаниям не влечет официального признания подсудимого невиновным. В постановлениях о прекращении дел по этим основаниям указываются фактические обстоятельства, не оставляющие сомнения в том, что обвиняемый (подсудимый) совершил преступное деяние, но в силу ряда причин он освобождается от уголовной ответственности или наказания. Так, при прекращении дела за давностью совершенного преступления (п. 3 ч. 1 ст. 24 УПК РФ) в постановлении следователя и судьи содержится описание преступления и указание на то, что его совершил обвиняемый (подсудимый). В постановлениях о прекращении дела по амнистии (п. 3 ч. 1 ст. 27 УПК РФ), за смертью обвиняемого (подсудимого), ввиду примирения обвиняемого и потерпевшего, в связи с деятельным раскаянием обвиняемого (подсудимого) (п. 4 ч. 1 ст. 24, 25, п. 3 ч. 1 ст. 27 УПК РФ) излагаются обстоятельства совершенного преступного деяния и делается вывод, что оно совершено обвиняемым (подсудимым). Таким образом, появляется категория граждан, которые официально не признаны виновными в совершении преступлений, поскольку право признания виновным принадлежит только суду и реализуется в приговоре, и в то же время опорочены в постановлении о прекращении дела по нереабилитирующему основанию. Это затрудняет для указанных лиц устройство на работу, продвижение по службе и учитывается в случае повторного совершения преступления. У таких лиц имеется только один выход — требовать вынесения оправдательного приговора, если они считают себя невиновными (ч. 2 ст. 27 УПК РФ). В этом случае постановление следователя или судьи, прекратившего на предварительном слушании дело по нереабилитирующему основанию, само дело и заявление заинтересованного лица передаются в суд первой инстанции для повторного рассмотрения. Желательно установить, что дело рассматривает областной или равный ему суд.
Уголовное дело прекращается ввиду отсутствия субъекта преступления, если отсутствуют заключение суда о наличии признаков преступления в действиях лиц, указанных в пп. 1, 3-5, 9, 10 ч. 1 ст. 448 УПК РФ (депутаты Государственной Думы, члены Совета Федерации, судьи и др.), либо согласие соответственно Государственной Думы, Совета Федерации, Конституционного Суда РФ, квалификационной коллегии судей на возбуждение уголовного дела (п. 6 ч. 1 ст. 24 УПК РФ). Эти лица имеют право на реабилитацию в случаях прекращения уголовного дела (п. 3 ч. 2 ст. 133 УПК РФ) и право обжалования в суд постановления о прекращении дела по нереабилитирующему основанию (ч. 2 ст. 27 УПК РФ).
Если дело прекращается по нереабилитирующему основанию в стадии судебного разбирательства, то постановление судьи о прекращении дела может быть обжаловано в апелляционном или кассационном порядке (ст. 354, 355 УПК РФ).
В связи с отсутствием субъективной стороны состава преступления разрешаются уголовные дела о признании лица невменяемым (ст. 21 УК РФ, гл. 51 УПК РФ). В данном случае при отсутствии состава преступления выносится не оправдательный приговор, а постановление судьи о признании лица невменяемым. Однако при осуществлении производства в соответствии с главой 51 УПК РФ возможно прекращение дела по реабилитирующим основаниям, если отсутствовало событие преступления или было установлено, что лицо не совершило приписываемое ему деяние (пп. 1, 2 ст. 442, ч. 3 ст. 443 УПК РФ). В этих случаях возможно и вынесение оправдательного приговора, если выводы следствия о невменяемости лица не подтвердились в суде (этот вариант УПК РФ не предусматривает).
К субъективной стороне преступления относятся и его мотивы. Многие судебные ошибки состоят в том, что по делам об умышленных преступлениях не устанавливаются их мотивы. При неустановлении мотива умышленного преступления в суде должен быть вынесен оправдательный приговор за непричастностью лица к совершению преступления, то есть за его невиновностью (см. ниже).
Непричастность подозреваемого, обвиняемого, подсудимого к совершению преступления (п. 1 ч. 1 ст. 27 УПК РФ; п. 2 ч. 1 ст. 302 УПК РФ). Это основание прекращения уголовного дела в стадии предварительного расследования и при вынесении оправдательного приговора в суде впервые появилось в Уголовно-процессуальном кодексе России 2001 года. Оно заменило прежние формулировки, употреблявшиеся в законодательстве Союза ССР и союзных республик. Так, в УПК РСФСР 1923 г. было установлено: суд выносит приговор об оправдании подсудимого при "недостаточности улик для обвинения подсудимого" (п. "б" ч. 3 ст. 326). УПК РСФСР 1960 г. предусматривал: оправдательный приговор постановляется в случае, если "не доказано участие подсудимого в совершении преступления" (п. 3 ч. 2 ст. 309). Такая же формулировка содержалась в ч. 4 ст. 43 Основ уголовного судопроизводства Союза ССР и союзных республик 1958 г.