Въ 1833 преставился преп. Серафимъ и стало вскорѣ сбываться его пророчество о Дивѣевѣ. Его ложный ученикъ о. Іоасафъ вмѣшался въ жизнь обители и сталъ отмѣнять заповѣди Преподобнаго, данныя ему Самой Царицей Небесной. Обитель стала при нимать другой характеръ. Онъ отстранилъ «Серафимовыхъ сиротъ» и возвысилъ группу своихъ послѣдовательницъ, Н. А. Мотовиловъ, которому преп. Серафимомъ было поручено попеченіе о сестрахъ, поѣхалъ въ Москву и обратился къ намѣстнику лавры, которому, въ свою очередь, было поручено заступленіе за сиротъ. Вслѣдствіе этого между намѣстникомъ и митрополитомъ послѣдовалъ рядъ писемъ, посвягценныхъ этому дѣлу. Митрополитъ откликнулся самымъ горячимъ образомъ. Онъ помогалъ «сиротамъ» изъ своихъ средствъ. Дѣло тянулось годами. Но митрополитъ въ концѣ настоялъ, чтобы Іоасафовскія сестры были удалены. Онѣ основали собственный Понетаевскій монастырь. Дивѣевская обитель была отчислена въ Тамбовскую епархію, гдѣ тогда епископомъ былъ Ѳеофанъ, будугцій затворникъ Вышенскій. Игуменьей Дивѣевской стала Елисавета, родомъ Ушакова, согласно предсказанію Преподобнаго, въ монашествѣ игуменія Марія. Въ Дивѣевѣ спасалось единовременно до 1000 монахинь. Игуменія Марія дожила до проелавленія Преподобнаго.
Другой заботой Митрополита было изданіе житій о.о. Марка, Серафима и Георгія Затворника, а также отдѣльное изданіе наставленій старца Серафима Саровскаго. Митрополиту пришлось пройти черезъ безконечный рядъ препятствій, чинимыхъ синодальными архіереями. Ихъ пугалъ присугцій этимъ писаніямъ элементъ чудесъ.
Какъ извѣстно, чисто православной богословской науки во времена митр. Филарета не существовало. Недавно возникшія Академіи пользовались иностранными, иновѣрными учебниками. Чистое Восточное Православное ученіе хранилось, главнымъ образомъ, въ незатронутыхъ ученостью нѣдрахъ народныхъ, разумѣется среди монашествующихъ, и прежде всего, среди обителей, куда успѣли проникнуть ученики старца Паисія и занести ученіе св. Отцовъ о внутреннемъ дѣланіи. Поэтому совершенно неудивительно, что средя образованныхъ архіереевъ господствавалъ протестантскій образъ мышленія.
По поводу этого дѣла тоже возникла переписка между митрополитомъ и намѣстникомъ. Пишетъ Митрополитъ отъ 28 іюля 1838 г. за № 199: «А я хотя черезъ порогъ смотрѣлъ въ безмолвіе, прочитавъ житіе о. Серафима, и, какъ вамъ хотѣлось, поправилъ нѣсколько словъ, гдѣ они казались поставлены не совсѣмъ правильно. Если думать о напечатаніи, то затрудненіе представить нѣкоторыя сказанія о видѣніяхъ. Цензура едва ли согласится пустить въ свѣтъ чудесное въ жизнеописаніи безъ высшаго свидетельства Церкви. Но исключить изъ жизнеописанія сказанія сего рода мнѣ кажется было бы похоже на святотатство. Если хотите, поговорите съ цензурой»…
Отъ авг. 2–го 1838 г. митрополитъ пишетъ: «Посылаю вамъ, о. Намѣстникъ, просмотрѣнныя мною поученія, или духовныя наставленія о. Серафима. Я позволилъ себѣ перемѣнить, или дополнить нѣкоторыя выраженія, частью, чтобы языкъ былъ правильнее, частью, чтобъ мысли, недовольно полно, или недовольно обыкновенно выраженныя, оградить отъ неправильнаго разумѣнія или отъ прекословія. Посмотрите и скажите мнѣ: можно ли подумать, что я не переиначилъ, или не повредилъ гдѣ либо мысли старца» … Отъ авг. 11 1838 г. онъ пишетъ… «Духовныя наставленія лучше цензоровать отдѣльно, чтобы въ случаѣ затрудненій въ житіи не затруднить и имъ дорогу» … Отъ 20 ноября 1838 г. онъ пишетъ:… «Сказаніе о онѣмѣвшемъ діаконѣ едва ли не останется въ архивѣ. Я опасался быть неуступчивымъ въ части, чтобы не испортить цѣлаго дѣла». Отъ дек. 31,1839 г.: «Дѣло о житіяхъ о. Серафима и затворника Георгія молчитъ: я не напоминаю о семъ въ ожиданіи Преосв. Кіевскаго, котораго мнѣніе благопріятно сему дѣлу». Наконецъ, въ письмѣ отъ дек. бго 1840 г. митр, жалуется, что: «Владыка Новгородскій опять возсталъ со своими недоумѣніями о чудесныхъ событіяхъ». Также возсталъ митр. Іона. «Видно согрѣшилъ саровскій игуменъ, написавъ къ митр. Іонѣ свои несвѣтлыя мысли». Однако, по милости Божіей и благодаря настойчивости митрополита Филарета, эти драгоцѣнные документы, наконецъ, увидѣли свѣтъ.
М. Филарету также принадлежала другая великая заслуга: его «усердіемъ и стараніемъ» дважды было переиздано въ 1822 г. и въ 1852 г. Добротолюбіе, впервые напечатанное въ 1793 г. митр. Гавріиломъ (см. «Житіе и писаніе Молдавскаго старца Паисія Величковскаго». Москва. 1847.111 стр.). Это «усердіе и стараніе» Филарета являются неоспоримымъ доказательствомъ его приверженности съ раннихъ поръ къ святоотеческому ученію о внутреннемъ дѣланіи.