Нередко новый настоятель на деле назначался предшествующим. В XVII веке это стало общим правилом. Если назначения не происходило, к примеру, когда кончина действующего настоятеля происходила неожиданно, то новый должен был избираться братией. Результаты выборов записывались в особой «излюбленной» грамоте. В ней указывалось, кого монахи «излюбили» и выбрали в настоятели, перечислялись его права и обязанности. Братия подписывала излюбленную грамоту, обязуясь повиноваться настоятелю, «покоить и кормить» его по достижении старости. С этой грамотой новоизбранный настоятель для утверждения в должности отправлялся к епархиальному архиерею.
В управлении обителью настоятель опирался на иноков, отвечающих за те или иные стороны жизни монастыря. Основные монастырские послушания и должности были определены монашескими уставами, созданными еще в Византии. Но в деталях они различались в зависимости от каждого конкретного монастыря и его размеров. Чем крупнее была обитель, тем больше в ней было «узкоспециальных» должностей и послушаний.
Важными в старинном русском монастыре были должности келаря и эконома. Келарь был главным помощником настоятеля в ведении монастырского хозяйства. В его обязанности входило хранение монастырской казны, выдача и прием денег, надзор за своевременным поступлением средств с монастырских владений, ведение расчетных книг и др. Также келарю доверялось хранение и распределение съестных припасов, прием гостей обители. В службах, связанных с монастырской трапезой, келарю помогали подкеларники, чашники и подчашники. В управлении же монастырскими владениями келарю содействовали посельские старцы и приказчики.
Первым помощником келаря был эконом, или ключник. В его ведении находились монастырские амбары и хранилища, кухня, конюшни, скотный двор и др. Эконом избирался братией на определенный срок. В крупных обителях, с большим числом насельников и немалым имуществом, у эконома были свои помощники – хлебник, трапезник, конюший, ризничий с подризничими.
В малых монастырях хранение казны и расход монастырских денег могли поручаться не келарю, а казначею, как это было в ранней Оптинской обители, где казначей, по должности, был вторым лицом после настоятеля, которому лично в своем послушании и отчитывался. В бедных обителях, какой длительное время, опять же, была и Оптина пустынь, перед казначеем стояла задача изыскивать средства на разные нужды монастыря и на пропитание братии. А когда над монастырем нависала угроза голода, доходило до того, что казначей сам отправлялся на поиск благодетелей и сбор милостыни.
Уставщик (екклесиарх, типик) отвечал за проведение в монастыре церковных служб, следил за соблюдением устава, за распорядком дня монахов. Пономарь следил за порядком в храме. Он зажигал и гасил церковные свечи, лампады, паникадила, звонил в колокол или било, отпирал и запирал церковь, хранил ключи от нее.
Существовали также должности, обладатели которых должны были обеспечивать общий порядок в монастыре. Так, мог назначаться особый монах-будильник: ему поручалось пробуждать настоятеля и братию к заутрене. Подняв настоятеля, он обходил кельи, ударяя в било и призывая их обитателей к пробуждению. Когда вся братия была на ногах, пономарь созывал ее в храм большим билом или колоколом. За тем, чтобы монахи не покидали монастырь без разрешения, не бездельничали и не предавались праздным разговорам, следили «надзиратели», сообщавшие о поведении иноков настоятелю.
Наконец, за приходом монахов в обитель и их уходом наблюдал сторож, которому поручалось открывать и закрывать Святые врата – главный вход в обитель. В небольших монастырях, где не было больничного монаха, сторож должен был служить заболевшим братьям.
Исповедовал монахов сам настоятель. В других случаях, по его благословлению, для всей обители назначался духовник, на которого возлагалось духовное окормление братии, ее исповедание.