По заведенному с византийских времен порядку, во избежание порчи, сглаза наследник престола мог быть представлен народу только после того, как ему исполнится 14 лет. Дефицит общения в детстве и юности, наряду с наследственными чертами характера, впоследствии сказывался на отношениях с людьми, подходе к ведению дел, методах правления самодержца. Алексею Михайловичу были не по душе многолюдные собрания, заседания, их он старался избегать. Чувствуя себя «не в своей тарелке», он предпочитал, когда это возможно, поручать участие в подобных действах кому-либо из приближенных. Еще он старался до последнего оттягивать принятие важных, судьбоносных для страны решений, из-за чего они часто затягивались, что в критических ситуациях — особенно во время войны — грозило серьезными проблемами.
Год 1645-й для Алексея Михайловича был отмечен тяжелыми испытаниями. Из жизни ушел отец, а спустя два месяца — мать, Евдокия Стрешнева. Еще не оправившись от потрясений, шестнадцатилетний Алексей был провозглашен царем. Юному самодержцу, бдительно опекаемому воспитателем, «дядькой» Борисом Морозовым, предстояло превращение в личность самостоятельную, способную принимать решения. «Кухня» управления, методы решения государственных дел целиком зависели от Морозова и того узкого круга «сильных людей», который он подпускал к царевичу. Учитывая неготовность Алексея к самостоятельному, зрелому общению, особенно в тех случаях, когда требовалось решение неотложных проблем, его старались избавлять от непредвиденных ситуаций, от лишних усилий, возможных ошибок. Таков был мотив, который выдвигал Морозов, изолируя царя от общения с правящим боярским окружением. По существу, Морозов был движим иным интересом — тем, чтобы как можно дольше продлить состояние собственной незаменимости. Эта ситуация лишь отдаляла Алексея от реального управления страной, от вызревания самостоятельных взглядов и представлений.
Было и другое, что также осложняло вхождение Алексея в государевы дела, чему особенно потворствовали церковники. И подданных, и иностранцев изумляла набожность молодого царя, его погруженность в богослужебную повседневность. О том, какого образа жизни придерживался Алексей Михайлович, свидетельствует его придворный лекарь Сэмюел Коллинс, на протяжении девяти лет проживавший при московском дворе:
Церковный, богомольный дух наполняет, обрамляет, оснащает всю жизнь и царствование Алексея Михайловича. Атмосфера «благочестивой старины» сопровождала его не только в молитвенные часы, в многодневные походы на богомолье, в церковные праздники. Богослужебное начало давало о себе знать и в повседневной управленческой деятельности, в издаваемых им распоряжениях, в эпистолярном творчестве, словно вышедшем из-под пера ученого богослова.