По мере того как скапливались, нарастая лавиной, проблемы, в самодержце все реже пробуждалось желание заниматься их разрешением. Уже не было речи о его участии в военных походах: прежние подобные попытки привели и его самого, и окружение к мысли, «насколько мало было пользы от его присутствия там». Особенно убедительным оказался безуспешный поход русского войска против Швеции в 1656–1658 годах, который поначалу возглавил сам царь. Внимание Алексея Михайловича с тех пор все больше стали занимать обустройство церемониальных шествий, торжественные выходы на престольные праздники, паломничества, раздача милостыни, масштабы которой изумляли иностранцев. В то время, когда русское войско, истекая кровью, гибло на Украине, самодержец, поглощенный соколиной охотой, обобщал свой опыт в написании труда «Соколиный урядник». Осознание величия, исключительности своей роли пробудило в нем стремление к самовозвышению, укрепило в той мысли, что он, многогрешный царь Алексей, движим
Характер самодержца и усвоенные им традиции придворной жизни вели к бесконечному затягиванию самых насущных вопросов. Многолетней тяжбой обернулся вопрос о лишении Никона патриаршего сана. Как обустроить церковную процедуру, придав ей легитимный характер — эта проблема, которая неотступно преследовала царя. Как добиться консенсуса среди иерархов, как и какую поддержку следует получить извне от православных церквей Востока — на это уходило время, направлялись немалые средства и усилия царского окружения. Заочное противостояние царя и патриарха продлилось до 1666 года, когда на церковном соборе произошло низложение Никона, однако внутрицерковные противоречия сохраняли свою остроту, оставляя все меньше времени на решения государственных дел.
Удаление Никона из Москвы в 1658 году и уход из жизни в 1661 году боярина Морозова окончательно избавили Алексея Михайловича от прежних опекунов и наставников. К тому времени вокруг обретающего уверенность в себе самодержца собралась команда из высокородных управленцев, уверенно занимавших командные высоты. В основном это были выдвинутые Морозовым родственники или выходцы из дружественно настроенного к нему круга наследственной элиты. Именно этим людям предстояло и далее вести дела, выполнять государственную работу. Они делали ее так, как это у них получалось, насколько хватало унаследованных природных качеств, ума, таланта. Традиции сословно-представительной системы власти не позволяли никому другому находиться рядом с престолом.
Судьбам тех, кто доминировал в летописях того времени, кто оказывался на острие важнейших событий, трудно позавидовать. Их усилий и способностей едва хватало на борьбу за сбережение, за выживание государства. Каскад событий, исход которых решался в жестком, кровопролитном противостоянии с врагом внешним и внутренним, не оставлял им ни времени, ни сил для мирной созидательной работы. Круг тех, кто был вовлечен Алексеем Михайловичем в реальное государственное управление, оказался не столь велик, как этого требовали обстоятельства. Среди них не хватало даровитых людей, обладавших исключительными достоинствами, которые могли бы возвыситься над всеми остальными. Те же, кто находился «под рукой», не всегда умели решать проблемы так, как это от них требовалось, не всегда оказывались на должной высоте. Элита, отмеченная заслугами предков, за редкими исключениями, не в состоянии была выдвинуть из своей среды годных к делу людей, способных предложить единственно правильное решение — «в нужный момент в нужном месте». Выходцам из других сословий, таким как Ордин-Нащокин, не будь он вовремя замечен и поддержан самим царем, выбиться наверх удавалось лишь в исключительных случаях.
В эту пору Русь вступила в самый тяжелый, небывалый по своему драматизму период. Военный поход против Швеции был остановлен под Ригой. В ходе трудных переговоров в Валиесари Ордину-Нащокину в 1658 году удалось завершить неудачную войну трехлетним перемирием. Тем временем Речь Посполитая и союзные ей силы с еще большим ожесточением возобновили военные действия на Украине. Одно поражение за другим с угрозой вести войну на два фронта вынудили Алексея Михайловича уступить все прежние завоевания на прилегающих к Балтике пространствах и вернуться к признанию условий Столбовского договора 1617 года. В Москве нарастал народный протест против церковных нововведений; ответом на денежную реформу, целью которой было пополнение скудеющей казны путем замены полновесных серебряных монет на медные, стал Медный бунт; далее последовало мощное народное восстание под предводительством Степана Разина, которое удалось подавить с большим трудом.