В оперативном отношении все действующие оренбургские части, кроме находящихся на Екатеринбургском и Уфимском фронтах, были сведены в отдельную Оренбургскую армию, впоследствии переименованную в Юго-Западную.
Во главе армии стоял атаман Дутов, удостоенный за освобождение Оренбурга чином генерал-майора.
На должность начальника штаба армии был привлечен полковник Вагин, молодой офицер Генерального штаба с большими организаторскими способностями.
Вновь был создан Оренбургский военный округ со всеми военно-окружными управлениями. Главным начальником округа был назначен помощник войскового атамана полковник Акулинин, произведенный в чин генерал-майора.
Должность начальника штаба округа была соединена с должностью начальника штаба войска в лице заведующего военным отделом полковника Половникова, получившего чин генерал-майора.
Во главе военно-окружных управлений были поставлены лица с большим административным опытом: так, например, начальником Военно-окружного управления был приглашен заслуженный профессор Николаевской инженерной академии, генерал-лейтенант Ипатович-Горанский (не казак); Военно-окружным интендантством – полковник Агапов, много работавший в голодные годы по хлебным заготовкам и снабжению населения Тургайской области; начальником Военно-окружного артиллерийского управления – полковник Исаенко, знаток артиллерийского дела и хороший организатор.
Совместительство руководящих должностей, то есть войскового атамана и командующего армией, помощника войскового атамана и главного начальника военного округа, начальника штаба войска и округа, было проведено с целью избежать многоначалия, при котором всегда возможны личные недоразумения и ведомственные трения. Кроме того, имелось в виду сосредоточить все руководство делом борьбы с большевиками в руках казаков, как местных людей, хорошо знающих край.
Оренбургские войсковые части, находившиеся в районе Челябинска, Екатеринбурга, Перми и Уфы, входили вместе с сибирскими отрядами в состав группы генерала Ханжина (генерал Ханжин – оренбургский казак, был известен в русской армии как знаток артиллерии), подчиненного сибирскому командованию. В Оренбургском уезде – на основании «устава о воинской повинности» – была объявлена мобилизация не казачьего населения (призывного возраста), из которого штаб армии сформировал стрелковую дивизию нормального типа.
В Оренбург прибыла из района Челябинска и Уфы Башкирская пехотная дивизия (в составе четырех полков без артиллерии и вспомогательных войск), сформированная башкирским правительством под руководством русских офицеров. Вместе с дивизией перебралось в Оренбург и башкирское правительство во главе с председателем Валидовым (Валидов – бывший учитель).
Приступили к организации киргизских конных частей, для чего штаб армии командировал в степь казачьих офицеров из татар и нагайбаков, как знающих киргизский язык.
У Войскового правительства Оренбургского войска начались оживленные сношения с Комитетом членов Учредительного собрания, с правительствами – Уральского и Сибирского казачьих войск, с башкирским и киргизским правительствами, а также с чехословацким командованием и представителями союзных держав: французами, англичанами и японцами.
Помимо всяких других причин, в силу географических, военных и экономических условий, Оренбургское войско должно было поддерживать особо тесные и дружественные сношения с Самарой, Сибирью и чехословаками: оружие, огнеприпасы, обмундирование и деньги можно было получить только из этих трех источников.
В первых числах июля атаман Дутов выехал в Самару и как член Учредительного собрания вошел в состав комитета, установив одновременно связь с чехословацким командованием. Из Самары он поехал в Сибирь для ведения переговоров с Сибирским правительством на предмет дальнейшей борьбы с большевиками. На возвратном пути атаман Дутов остановился в Челябинске и заезжал в Троицк, чтобы ознакомиться с положением дел в северных округах войска.
С Сибирским правительством у атамана Дутова сразу установились сердечные отношения, тогда как с самарским комитетом, несмотря на ряд соглашений, хороших взаимоотношений наладить не удалось до самого конца существования комитета. Да оно и понятно: в Сибири и Оренбурге преобладали государственные начала; самарские же политики во главу всех своих решений ставили партийную программу социалистов-революционеров.
Чехословацкими и русскими добровольческими отрядами (в числе коих наибольшую известность своими решительными действиями приобрел отряд Генерального штаба полковника Каппеля) были захвачены в Самаре, Симбирске и Казани громадные склады артиллерийского, интендантского, инженерного и санитарного имущества, а также золотой запас, который большевики при отступлении не успели вывезти из Казанского хранилища.