Война внесла свои коррективы в значение нефтеперерабатывающих районов страны. В связи с наступлением фашистов нефтеперерабатывающие заводы Краснодара, Одессы, Туапсе были демонтированы и частично эвакуированы в другие регионы. Снабжение нефтепродуктами с бакинских заводов через Каспийское море и Среднюю Азию было крайне затруднительным.
Государственный Комитет Обороны принимает решение о немедленном развитии добычи и переработки нефти на территории Башкирии. Для этого Н. К. Байбаковым создается специальная комиссия. Состав комиссии формируется в основном из бакинских нефтяников. В ее состав был включен и С. А. Оруджев. О работе этой комиссии Н. К. Байбаков в книге «От Сталина до Ельцина» пишет:
«Чтобы задействовать весь нефтяной потенциал Баку, напрашивалось куда более масштабное и радикальное решение: нужно было обратить этот потенциал на быструю разработку нефтеносных районов между Волгой и Уралом, о чем мы думали еще до войны… Условия 1942 года заставили нас форсировать наши планы и задумки, приступить немедленно к разработке и добыче нефти в этом районе.
И вот Государственный Комитет Обороны обратился к бакинским промысловикам с призывом срочно перебазироваться в необжитые районы для поднятия нефтяной целины… Как первый заместитель наркома я был назначен уполномоченным ГКО по перебазированию большого количества нефтяников и техники из кавказских районов на Восток».
Но, как известно, перебазирование техники и кадров — это только часть дела. Нужно было немедленно, буквально с колес, организовать добычу и переработку нефти. Нужно было начать масштабные буровые работы, организовать выкачку нефти, сбор ее в емкости, строительство местных нефтепроводов, запустить нефтеперерабатывающие заводы… Для организации этой масштабной работы нужны были руководители.
Сабит Атаевич, используя опыт руководства трестом «Орджоникидзенефть», по заданию Байбакова решал ряд конкретных вопросов, связанных с организацией первых нефтедобывающих предприятий. На это ушло несколько месяцев, но задание было успешно выполнено. Башкирская нефть начала поступать на Уфимский нефтеперерабатывающий завод.
«Прошло больше чем полвека с той поры, — пишет Н. К. Байбаков, — а и ныне участники того небывалого «переселения» удивляются сами, как удалось в столь короткие сроки осуществить это при минимальных потерях в людях и технике и прямо «с колес» начать бурение на новых площадях!»
Но нужно помнить, что если руководство народным хозяйством в годы войны осуществлял Государственный Комитет Обороны, то нефтяную промышленность курировал лично Л. П. Берия. И нетрудно себе представить, что стоило Байбакову, Оруджеву и другим под «бдительным оком» этого человека вовремя и в полном объеме выполнить задание партии.
В сложившейся обстановке основная тяжесть в снабжении всех фронтов бензином и дизельным топливом легла на Уфимский НПЗ, который стали называть почтовым ящиком № 417, и Ярославский завод им. Д. И. Менделеева (почтовый ящик № 406). Кроме того, нефтеперерабатывающие заводы также функционировали в Москве, Саратове, Орске, Батуми, Горьком. Но в Ишимбаеве уже в 1942 году работала группа из трех заводов — Ишимбаевского нефтеперерабатывающего, расположенного на правом берегу реки Белая, газолинового и пиролизного заводов, находившихся на левом берегу этой реки.
С конца 1943 года на бакинских промыслах началась интенсификация буровых работ, возродились и работы по дальнейшей разведке нефти, в том числе и в акватории Каспийского моря. В 1943 году инженер В. Рачинский предложил заготавливать для морских буровых оснований крупные блоки строительных конструкций на берегу, а затем перебрасывать их на морские месторождения, что явилось началом нового вида строительства морских оснований в море. И уже в 1944 году в Баку стал создаваться трест морского бурения, который вел бурение скважин глубиной две-три тысячи метров с морской части нефтеносной складки Бухты Ильича.
Эти успехи в значительной мере были обеспечены технической мощью бакинских промыслов, а также гибким и умелым маневрированием кадрами. Лучшие руководители, организаторы и специалисты нацеливались на решение главных задач, а решив их, тут же перенацеливались на новые. В числе таких специалистов был и Оруджев — одна из самых видных личностей военного нефтяного Баку.
В трудные военные годы Оруджев заявил о себе не только как ответственный работник нефтяной отрасли, но и как талантливый ученый. В 1943 году он защищает диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических наук. Свои научные изыскания Сабит Атаевич тут же делает достоянием специалистов. В том же году в издательстве «Азнефтеиздат» на 35 страницах с иллюстрациями выходит его брошюра «Освоение глубоких нефтяных скважин аэризацией». Метод, предложенный Оруджевым, позволял в условиях военного времени минимизировать издержки по добыче нефти из глубоких скважин, увеличить коэффициент нефтеотдачи и тем самым способствовал экономии средств и снижению себестоимости добываемого топлива.