Соглашением о зонах оккупации предусматривалось, что американские войска займут юго-запад Германии, английские войска — северо-запад, а советские войска — восток Германии. Было также решено, что за счёт английской и американской зон небольшую зону оккупации получит и Франция. Новым в оккупационной проблеме стал вопрос о так называемом Большом Берлине, который должен был войти в советскую зону оккупации. Но поскольку этот город был избран местом пребывания Союзного контрольного совета по Германии (СКС), то было решено, что германская столица будет управляться межсоюзнической комендатурой и будет занята оккупационными войсками всех союзных держав. Таким образом, за три месяца до капитуляции Германии союзники были полностью готовы применить для решения германского вопроса самые суровые меры, вплоть до расчленения страны.
Однако когда «комиссия по расчленению» в марте 1945 г. начала конкретную работу, советский представитель вдруг совершенно неожиданно отказался от самой этой идеи, на которой столь твёрдо настаивали И.В. Сталин и В.М. Молотов всего месяц назад в Ялте. Именно тогда посол Ф.Т. Гусев передал председателю комиссии А. Идену официальное письмо, где говорилось, что советское правительство трактует решение Крымской конференции о расчленении Германии «не как обязательный план», а как возможное средство «для нажима» на Германию, «если другие средства окажутся недостаточными». В этой ситуации американский член комиссии Дж. Вайнант срочно сообщил в Вашингтон о столь радикальном изменении позиции Москвы и получил из Госдепа США прямое указание начальства аналогично уклониться от принятия любых окончательных решений. Таким образом, вопрос о расчленении Германии был де-факто снят с повестки дня. А уже в апреле 1945 г. именно советский представитель в ЕКК выступил за то, чтобы полностью изъять положение о расчленении территории разбитого противника из «Акта о безоговорочной капитуляции Германии» и из «Декларации о поражении Германии и взятии на себя верховной власти союзными державами». Таким образом, сам термин «расчленение» исчез из этих документов, и подобные «манёвры» советской дипломатии до сих пор не получили общепринятой трактовки в зарубежной и российской историографии. Новая официальная позиция советского руководства по поводу расчленения Германии прозвучала из уст И.В. Сталина уже 9 мая 1945 г. в его «Обращении к советскому народу по случаю окончания войны», где он прямо заявил, что «Советский Союз торжествует победу, хотя он и не собирается ни расчленять, ни уничтожать Германию».
Как известно, после смерти президента Ф.Д. Рузвельта лидеры «Большой тройки» ехали в Потсдам с совершенно иным настроем, нежели в Ялту, что прямо повлияло и на ход всей конференции, и на её решения. Потсдамская конференция, в отличие от Версальской, не была «мирной», поскольку на ней не предполагалось обсуждение самих условий мирного договора с поверженной Германией, она должна была либо подтвердить и конкретизировать ялтинские соглашения, либо, напротив, отвергнуть их. Поэтому дискуссия, которая развернулась в Потсдаме, в отличие от Ялты, вертелась лишь вокруг общих принципов проведения скоординированной линии и механизмов её реализации в отношении Германии.
Единственным документом, принятым по итогам тяжёлых двухнедельных дебатов, стал Протокол Берлинской конференции трёх великих держав, подписанный 1 августа 1945 г. Принципиальные решения относительно будущего Германии касались сути оккупационной политики, проблем её новых государственных границ и репараций в пользу союзных держав. Оккупация была признана необходимой мерой, носящей временный, но не оговорённый конкретными сроками характер. А её основными целями провозглашались четыре главных задачи, которые позже получили звонкое и хорошо известное название политики «четырёх Д», то есть демилитаризация, денацификация, демократизация и декартелизация. Отныне вся верховная власть на территории поверженной Германии передавалась в руки четырёх Главнокомандующих Вооружёнными силами СССР, США, Великобритании и Франции, причём в своей зоне оккупации каждый главком действовал только по инструкциям своего правительства. Все вопросы общего порядка должны были обсуждаться совместно, в рамках специального координирующего органа — Союзного контрольного совета по Германии (СКС), в состав которого вошли маршал Советского Союза Георгий Константинович Жуков, генерал армии Дуайт Эйзенхауэр, фельдмаршал Бернард Монтгомери и генерал Жан Жозеф де Латр де Тассиньи. Все заседания СКС готовил постоянно действующий Комитет по координации, в который от каждой стороны тоже вошли четыре человека — генерал армии Василий Данилович Соколовский, генерал Люсиус Клей, генерал Брайан Хуберт Робертсон и генерал Луи Мари Кёльц. Кроме того, в составе СКС функционировали 12 отделов: военный, военно-морской, военно-воздушный, транспортный, политический, экономический, финансовый, правовой и другие, которыми поочерёдно управляли четыре директора от каждой стороны.