Под «колпаком» охранки был едва ли не весь преподавательский состав университетов. В деле «О проф. Московского университета И.М.Сеченове» (1898) сказано: «Из секретных сведений особого отдела Департамента полиции усматривается, что в 1872 г. масса слушателей посещала лекции Сеченова и Боткина, которых вследствие этого Правительство изволило удалить из Медицинской академии, т. е. от того, что они своими лекциями приобрели большую популярность между студентами».
Поразительно, что во время перестройки Столыпин стал кумиром той самой части интеллигенции, которая больше всего говорила о нравственности и ненавидела КГБ. Как они могли согласовать это с таким важным наблюдением С.Ю.Витте: «В своем беспутном управлении Столыпин не придерживался никаких принципов, он развратил Россию, окончательно развратил русскую администрацию, совершенно уничтожил самостоятельность суда… Столыпин развратил прессу, развратил многие слои русского общества, наконец, он развратил и уничтожил всякое достоинство Государственной думы, обратив ее в свой департамент» (ВАВолков, М.В.Куликова. Российская профессура «под колпаком» у власти. — Вопросы истории естествознания и техники. 1994, № 2).
Создание охранки нового типа, безнравственность которой еще больше подорвала авторитет государства, бумерангом ударило по государству. Именно Столыпин организовал провокацию, которая привела к разгону II Государственной думы 3 июня 1907 г. Охранка, скорее всего, [подбросила одному депутату от социал-демократов «наказ» солдатам столичного гарнизона с призывом к вооруженному восстанию, затем устроила обыск и этот «наказ» обнаружила. 1 июня Столыпин потребовал от Думы разрешения на арест депутатов социал-демократов, но Дума даже не успела этот вопрос рассмотреть и отказать или согласиться с требованием, как ее распустили указом царя. Это вошло в историю как «переворот 3 июня».
Охранка пошла на абсолютно недопустимое, особенно в традиционном обществе, предоставление «лицензии на политическое насилие» против оппозиции. Размывание абсолютной монополии на легитимное насилие — начало гибели государства. Один из политических руководителей охранки П.И.Рачковский, по свидетельству многих историков (а главное, по сложившемуся тогда в обществе мнению), санкционировал политические убийства оппозиционных деятелей неформалами уголовного типа, которые рядились в «черносотенцев».