В мае 1833 г. в Кютахье было подписано турецко-египетское соглашение, предусматривавшее сохранение за Мухаммедом Али власти над Египтом, Сирией и Палестиной, Киликией. Добившись таких выгод, египетский наместник обещал по-прежнему признавать сюзеренитет султана. После этого русские войска покинули турецкую территорию. Политические позиции России в Османской империи были серьезно укреплены подписанием 8 июля 1833 г. русско-турецкого союзного договора. Турецко-египетский конфликт, угасший на некоторое время, обострился в 1838 г., когда египетский наместник вновь перестал платить дань и потребовал придать его власти наследственный характер.
Весной 1839 г. султан стал готовиться к войне. В конце мая турецкие войска начали военные действия против египтян. 24 июня произошла решающая битва под Низибом в Северной Сирии. Турецкая армия под командованием Хафиз-паши насчитывала около 40 тыс. солдат, силы египтян под водительством Ибрагим-паши превосходили ее на 10 тыс. солдат. Кроме того, в войсках султана почти не было квалифицированных офицеров. Похоже было, что турецкий главнокомандующий больше полагался на астрологов, которых держал при своем штабе для предсказания дня победной битвы. Как и следовало ожидать, звезды не помогли. Ибрагим-паша умело произвел обходной маневр, зашел в тыл турецким войскам и 24 июня навязал им бой в выгодной для себя позиции. Турецкая армия была полностью разгромлена. Флот султана в результате предательства его командующего перешел на сторону Ибрагим-паши.
Однако Мухаммеду Али не было суждено воспользоваться плодами победы. В июле 1839 г. в конфликт вмешались великие державы. Длительные дипломатические переговоры привели к решению о военных санкциях держав против египетского паши. Летом 1840 г. началась военная интервенция Англии и Австрии в Сирии. Войска Мухаммеда Али потерпели здесь ряд поражений. В декабре 1840 г. в Лондоне Османская империя подписала соглашение с союзными державами, которое стало для нее гарантией покорности египетского вассала.
В таких условиях европейским державам удалось навязать султану выгодную для них систему торговых отношений. В 1838 г. Англия заключила с Османской империей торговый договор, который освобождал английских купцов от внутренних торговых пошлин и предоставлял им право покупать и продавать товары во всех владениях султана по рыночным ценам. В 1838–1846 гг. подобные договоры заключили с Османской империей Франция, Голландия, Пруссия, Испания, Швеция и Россия.
Обстоятельства сложились так, что Махмуд II не узнал о разгроме своих войск под Низибом: он умер спустя шесть дней после этой битвы. На трон вступил Абдул Меджид I, которому суждено было продолжить реформаторские мероприятия Махмуда II.
После завершения первого этапа турецко-египетского конфликта Махмуд II решил воспользоваться военной передышкой для того, чтобы продолжить начатые реформы. Их необходимость доказали начальные результаты столкновения с Мухаммедом Али. В 1831 г. была проведена перепись населения с целью выявления числа возможных новобранцев, а также числа налогоплательщиков. Последнее обстоятельство было весьма важно, ибо создание и оснащение нового войска требовали весьма значительных средств. Набор рекрутов вызвал недовольство крестьянских масс. Новое войско длительное время оставалось весьма немногочисленным. В конце 20х годов в столице и провинциях было не более 15 тыс. солдат нового регулярного войска. При этом их экипировка и вооружение были весьма далеки от европейских образцов.
Важным мероприятием в системе военных реформ Махмуда II стала организация пехотных редифных (территориальная милиция) войск. В августе 1834 г. был издан специальный указ о создании этих частей во всех провинциях, по одному батальону в каждом санджаке. Предусматривалось, что эти формирования будут использоваться только в военный период. Новые регулярные части, султанская гвардия и редифные подразделения составили новый контингент сухопутных войск Османской империи. В середине 30-х годов постепенно стали формироваться и регулярные кавалерийские части. В 1836 г. общая численность турецкой регулярной армии достигла примерно 70 тыс. человек. Махмуд II начал строить новый флот, чтобы восполнить потери в Наваринском сражении, но не достиг значительных результатов.