Тем временем положение французов в Египте, где они столкнулись с сильным сопротивлением арабов, серьезно ухудшилось. Не в их пользу изменилась и ситуация в Средиземном море, где господствовали русский и английский флоты. В Сирии войска Бонапарта потерпели неудачу, а вскоре, несмотря на отдельные успехи (победа над турками при Абукире), положение французской армии в Египте стало критическим. Большая турецкая армия двинулась через Сирию в Египет, и вскоре турецкие войска встали лагерем вблизи Каира. В марте 1801 г. сменивший Бонапарта Клебер напал на турецкую армию и разгромил ее. Правда, в Каире тут же вспыхнуло восстание против французских оккупантов. Хотя оно было подавлено, положение экспедиционного корпуса стало безнадежным. В июне 1801 г. французы в Каире сдались на милость окруживших город английских и турецких войск.
В 1802 г. Османская империя заключила мирный договор с Францией, по которому вернула себе все потерянные ею в ходе войны в Египте земли. Французским подданным были возвращены льготы и привилегии, в частности в торговле, которыми они обладали раньше. Франция была признана наиболее благоприятствуемой нацией. Она приобрела те торговые и таможенные льготы, которых были лишены даже союзники Турции по закончившейся войне – Англия и Россия.
Реформаторам в Османском государстве серьезно мешали не только внешнеполитические осложнения. В начале XIX в. резко пошло на подъем национально-освободительное движение в балканских провинциях империи. Усилилась партизанская борьба против турецкого владычества в Греции, где карательные меры султанского правительства не приносили ощутимых результатов. Начались вооруженные антитурецкие выступления в Болгарии и Черногории. Освободительное движение черногорцев было столь сильным, а их противостояние турецким войскам столь успешным, что Селим III вынужден был признать Черногорию независимой.
В 1804 г. антитурецкое восстание вспыхнуло в Сербии. Грубый произвол турецкой администрации, в особенности бесчинства янычар, стали в Сербии настолько ненавистны, что восстание быстро распространилось по всей стране. Возглавил его вожак гайдуков Карагеоргий. Повстанцам удалось захватить в свои руки ряд городов. В 1805–1806 гг. султанские войска не раз терпели поражения от повстанцев. В конце декабря 1806 г. отряды Карагеоргия заняли Белград. А вскоре началась русско-турецкая война (1806–1812), позволившая сербам получить поддержку России.
Антитурецкие выступления происходили не только в балканских провинциях империи. В 1805 г. против османского наместника выступили жители Каира, антитурецким движением были охвачены некоторые районы Центральной Аравии.
В таких условиях Селим III и его сподвижники еще раз попытались увеличить численность и повысить боеспособность новых воинских формирований. В своих планах султан опять опирался на Францию, дружественные отношения с которой были восстановлены после неудачи египетской экспедиции Наполеона Бонапарта. В 1806–1807 гг. французский посол в Стамбуле генерал Гораций Себастиани был едва ли не главным советником Селима III в вопросах реформ. Французский офицер Жюшеро де Сен-Дени стал главным инспектором саперных войск в турецкой армии. В разных правительственных ведомствах работали французские военные эксперты, инструкторы, инженеры и мастера.
В 1805 г. султан пошел на неожиданную меру – распорядился начать принудительный набор солдат для новых войсковых контингентов, что сразу же вызвало резкий отпор населения. Высокой Порте пришлось отказаться от этого новшества.
Весной 1806 г. султанское правительство начало перебрасывать в Румелию подразделения новых регулярных войск, а в июле того же года туда прибыл большой их контингент под командованием Кади-паши. Общая численность армии Кади-паши, в которую влились формирования, ранее отправленные в Румелию, составляла около 30 тыс. человек. Когда эта армия приблизилась к Эдирне, местные янычары подняли мятеж против султана и Порты, преградив новым войскам путь к городу и потребовав сместить чиновников – сторонников реформ. Мятежники даже установили артиллерийские батареи на дороге, ведущей к Эдирне. Известие о янычарском бунте и о его поддержке в других районах Румелии вызвало панику в Стамбуле. Султан пошел на уступки реакционерам, отозвав в столицу из Румелии контингент новых войск. Слабость правительства использовали противники реформ. Улемы стали открыто проповедовать, что реформы противоречат установлениям Корана и шариата.