Раймунд очень плохо отнесся к возвышению Готфрида. Тогда он владел Башней Давида и отказался отдавать ее новому правителю, сказав, что намерен покамест остаться в Иерусалиме и встретить там следующую Пасху и до тех пор будет жить в башне. К нему с увещаниями явились Роберт Фландрский и Роберт Нормандский, и тогда он согласился передать башню в распоряжение епископу Альбары до того момента, как этот вопрос не будет улажен на общем совете. Но вскоре после того, как он выехал из Башни Давида, епископ, не дожидаясь законного решения совета, передал ее Готфриду. Перед Раймундом епископ оправдывался тем, что был безоружен и ему пришлось уступить; но Раймунд Ажильский своими глазами видел огромные запасы вооружения, которые беспомощный прелат взял с собой, въезжая в дом возле храма Гроба Господня. Возможно, его подтолкнули к этому те из людей Раймунда, которым не терпелось убедить своего господина вернуться во Францию. В гневе Раймунд сначала заявил, что немедленно возвращается домой. Он покинул Иерусалим, но направился со всеми своими войсками в долину Иордана. В исполнение указаний, которые дал ему Пьер Бартелеми еще в Антиохии, все его люди взяли по пальмовой ветви, и он повел их от Иерихона к реке. Затем вся честная компания с молитвами и пением псалмов омылась в святом потоке и оделась в чистую одежду; «хотя зачем святой человек велел нам все это делать, мы пока не знаем», — замечает Раймунд Ажильский. Не желая возвращаться в Иерусалим к сцене своего унижения, Раймунд разбил лагерь у Иерихона.
То, что Раймунд не получил иерусалимскую корону, ослабило позиции его сторонников. Когда 1 августа духовенство собралось, чтобы избрать патриарха, Арнульф из Рё победил, несмотря на все старания оппозиции. Уверенный в поддержке лотарингцев и нормандцев Франции и Италии, епископ Мартуранский смог убедить большинство присутствующих избрать Арнульфа. Напрасно Раймунд Ажильский и его товарищи указывали им на то, что избрание не может считаться каноническим, ведь Арнульф не был даже иподиаконом, да и его моральные устои таковы, что в армии о нем даже сочиняли стишки. В войсках приветствовали его назначение. В политике Арнульф придерживался умеренности. Если духовенство ожидало, что он будет навязывать свою волю Готфриду, то оно ошиблось. Возможно, осознавая, что он не имеет достаточного веса, чтобы быть правителем Иерусалима, он ограничился церковными делами. Здесь его целью было латинизировать подвластную ему сферу. С одобрения Готфрида он поставил двадцать каноников, которые стали проводить ежедневные богослужения у Гроба Господня, и дал храму колокола, чтобы созывать людей на молитву — мусульмане не позволяли христианам звонить в колокола. После этого он прогнал оттуда священников восточного обряда, которые проводили службы в храме. В то время, как и сейчас, там находились алтари всех разновидностей восточного христианства, не только православных греков и грузин, но также и армян, сиро-яковитов и коптов. Местные жители-христиане с радостью вернулись в Иерусалим через день после его взятия латинянами, но теперь они пожалели о своих прежних господах. Когда Ифтикар прогнал их из города, несколько православных священников увезли с собой святейшую реликвию Иерусалимской церкви — часть Животворящего Креста. Теперь они не желали отдавать ее патриарху, который пренебрегал их правами. И только пытками Арнульф заставил хранителей святыни рассказать, где они ее прячут. Но, несмотря на растущее возмущение, у местных православных христиан не было иного выбора, кроме как согласиться на латинских иерархов. Их высшее духовенство находилось в рассеянии, а назначить собственных епископов и патриарха в противовес латинским им даже не пришло в голову. В Палестине пока еще не произошло раскола между восточным и западным христианством, хотя Арнульф уже сделал первые шаги к тому, чтобы он стал неизбежным. Еретические церкви, к которым мусульмане относились терпимо, обнаружили, что после латинского завоевания для них начались мрачные времена.
После возвышения Готфрида у него испортились отношения с соратниками, которые прежде держали его сторону. По какой-то причине он вскоре оскорбил Роберта Нормандского, да и Роберт Фландрский к нему охладел. Тем временем Танкред отправился в Наблус, жители которого сообщили в Иерусалим, что готовы сдаться. С ним поехал брат Готфрида Эсташ Булонский, быть может, для того, чтобы не дать ему, как обычно, прибрать к рукам всю добычу. В городе их приняли хорошо, но, видимо, поживы им это не принесло.