Два года спустя после битвы на Берик-филд на севере вспыхнуло еще одно восстание. Архиепископ Йоркский Ричард Скроуп поднялся против королевского правительства и выпустил манифест — иначе говоря, список жалоб, — из которого можно было сделать вывод, что Генрих собирает слишком много налогов и такая ноша становится неподъемной для его подданных, как светских, так и духовных.
Это восстание не имело успеха, в течение нескольких дней сторонники архиепископа либо покинули его, либо были заключены в тюрьму. Граф Нортумберленд, переживший поражение своего сына в битве около Шрусбери, снова оказался замешан в восстании и бежал в Шотландию. Сам Скроуп был схвачен и обезглавлен, поскольку Генрих предпринял грубую и жестокую попытку перебить всю оппозицию. Убийство архиепископа считалось святотатством, напрашивались сравнения с убийством Томаса Бекета в XIII веке. Генрих IV по большей части избежал публичного осуждения, павшего на Генриха II, но его личная репутация в значительной степени пострадала. К шаткому положению его трона добавилось пятно кощунства.
Смерть архиепископа тяжелым грузом легла на совесть короля. В полдень 8 июня 1405 года — день казни Ричарда Скроупа — король ехал на лошади, когда почувствовал, что его толкнула какая-то сила, настолько мощная, что «ему показалось: он действительно ощутил удар». Этой ночью у него были кошмары, в которых он кричал: «Предатели! Предатели! Вы обрушили на меня огонь!» Когда приближенные вбежали в спальню, Генрих пожаловался, что у него вся кожа горит. Именно в это время король заболел таинственной болезнью, которая, согласно слухам, была проказой. Если учесть, что болезнь без следа прошла несколько лет спустя, вряд ли этот диагноз был верен. Куда более вероятно, что Генрих заразился сифилисом. Молодым человеком он участвовал в Крестовом походе в Святую землю, а крестоносцы были известны тем, что заносили в Европу венерические заболевания.
С 1406 года больше не предпринималось серьезных попыток сбросить Генриха с трона. Он оставался бдительным, упрямым, он всегда был настороже. Король понимал, что, в отличие от его предшественников, у него нет власти и ресурсов конфликтовать с великими магнатами своей страны, поэтому он уклонялся и шел на уступки. Он позволил аристократам наслаждаться свободой и влиянием, каких они были лишены в царствование Ричарда. Генрих допускал, чтобы им отчасти руководил совет аристократов. Он хорошо умел управлять людьми. Корона была бедна, казна истощилась, местные законы не соблюдались, а отдельные районы страны управлялись местными кликами. Всегда оставалась возможность бунта и разбоя. Король выстоял. Можно было бы сказать, что он выкарабкался кое-как, но это не совсем верно, поскольку его неизменной целью было сохранить свою власть и дать начало новой королевской династии. В этом отношении он был вполне успешен.
Все надежды Генрих возлагал на своего старшего сына Генриха Монмута, принца Уэльского, который был ранен в голову во время битвы на Берик-филд, но эта рана нисколько не смягчила его воинственный нрав. Он обожал битвы и жил для войны. С четырнадцати лет принц успешно участвовал в различных боях и стычках с мятежниками из Уэльса. В 1406 году он по возвращении из Уэльса присоединился к Королевскому совету и тут же стал играть заметную роль в государственных делах. Ему было девятнадцать лет, и, разумеется, вокруг Монмута начали группироваться молодые аристократы. Один хронист отмечал, что «люди часто обращаются к нему, и двор принца стал более обширным, чем двор короля, его отца». Таким образом, Монмута воспринимали как неофициальную «оппозицию» уже стареющему королю и его советникам, развившую более целенаправленную и активную деятельность как в самой Англии, так и за ее границами. Живость молодости противостояла возрасту, надежда и оптимизм выступали против опыта и усталости.
Сам король, утомленный болезнью, постоянно уклонялся от вмешательства в государственную политику. Он оставил свой дворец в Вестминстере и удалился на покой в резиденцию архиепископа Кентерберийского в Ламбете; затем он перебрался в Виндзор. В этот период с начала 1410 года до конца 1411-го принц Уэльский успешно управлял королевством от имени своего отца. Была послана экспедиционная армия, чтобы помочь герцогству Бургундскому справиться с бесчинствами французов. В то же время прилагались целенаправленные усилия, чтобы восстановить финансовое положение короля. В сентябре 1411 года сообщали, что принц обратился к своему отцу и посоветовал ему отречься от престола, «потому что он больше не мог служить для славы и блага королевства».