Шюре в своем исследовании пишет: «Наука чисел и искусство воли – вот два ключа магии, – говорили жрецы Мемфиса, – они открывают все двери Вселенной» (с. 219). Трудно поверить, что где-то сохранились слова жрецов, тем более что все «таинственное» было в изустной форме. Однако само учение Пифагора, излагаемое пифагорийцами второго и третьего поколений и выдаваемое за истинное, говорит о том, что собственное учение Пифагора, его образ жизни, уверенность в своей божественной природе и свойстве всевидения позволяют нам делать вывод, что Пифагор действительно верил в свое владение «ключами» к «дверям Вселенной».
Центральная идея Пифагора – раскрыть картину превращения духа в материю «путем мирового творчества» и его обратного восхождения к исходному единству «посредством индивидуального творчества», которое осуществляется с помощью развитого сознания. Речь здесь идет о теории перерождения душ, об инкарнации. Как же, в ясном изложении, Пифагор понимал, видел эту инкарнацию? Для него всеми видимое в ясную ночь звездное небо – это населенный душами космос с небесами-планетами. Звезды Млечного пути (во времена Пифагора «звездность» Млечного пути не знали) – это души будущих жителей Земли или души уже живших, ушедшие в мир Сатурна навсегда. Звезды различной степени яркости – это души или поднимающиеся, или опускающиеся в мир материи, приближаются к Земле. Но уйти навсегда от земли в мир Единого дано не всякой душе, а только предельно чистой, благочестивой (сам Пифагор заявлял своим ученикам, что он пережил четыре инкарнации и помнит, кем он был на земле до своего нынешнего состояния).
В Вавилонии Пифагор пробыл, согласно косвенным свидетельствам, 12 лет. За это время он освоил мистические искусства персидских магов по овладению «оккультными» силами природы (пантоморфный огонь и астральный свет). К годам возвращения Пифагора в родной Самос там, как и во всей Малой Азии, господствовали персы. Они превратили в одичавшую пустыню когда-то культурный ареал: закрыли и разрушили школы и храмы, все философы покинули край, его о. Самос погибал. В белой тоге египетского жреца, с выданной в Вавилоне охранной грамотой персидского царя, Пифагор покинул Самос вместе с верившей в его возвращение матерью Парфенисой и направился в Грецию, чтобы там, как гласит легенда, разбудить заснувшие души богов святилищ, вернуть авторитет храму Аполлона и основать школу науки и жизни, из которой выйдут посвященные мужи и матери будущей Греции.
Согласно легенде, Пифагор сперва прибыл в Дельфийский храм Аполлона, самое священное место для всех греков. Аполлон для греков олицетворял невещественный разумный свет, из которого исходит высшая истина. Подобием Аполлона выступает Солнце.
В Дельфах Пифагор просвещал жрецов, давая им своего рода «второе дыхание»; среди жриц Аполлона он нашел некую Феоклею, в которой пробудил дух пифии (прорицательницы) Аполлона; все служители храма признали безусловный авторитет Пифагора в вопросах проникновения в таинственный мир трансцендентного (потустороннего) бытия, в свет Аполлона. После года пребывания в Дельфах, в течение которого он вернул честь и славу Дельфийскому храму, подготовил из Феоклеи пифию, он перебрался в южноиталийский город Кротон, лежащий рядом с богатым Сибарисом и с его прославившимися своей изнеженностью жителями-сибаритами.
В Кротоне Пифагор развернул бурную пропаганду своего учения, в котором объединились древнеегипетские представления о космосе, душе и богах с традиционными положениями греческой мифологии. Его «просвещение» кротонцев имело успех. Через несколько лет вблизи Кротона появился храм Муз – община и школа одновременно, переросшая в закрытый орден посвященных, куда мог вступить каждый желающий, но не каждый мог выдержать установленной Пифагором жреческой дисциплины. Обязательным условием были общность имущества, безусловное подчинение старшим, постепенность приближения к посвящению, абсолютный авторитет Гиперборейского Аполлона – Пифагора. При желании каждому была дана возможность покинуть общину, а нарушающих ее требования просто изгоняли, устраивая ритуальное надгробие как умершему и оплакивая его. Среди изгнанных из общины был и юноша Килон, позже оказавшийся в числе руководителей мятежа кротонцев против политической власти пифагорейцев. В итоге весь цвет ордена был осажден в доме пифагорейца Милона и сожжен. Из 44 гостей Милона спаслись Архипп и Лизис, по другим свидетельствам – Архим, Лизис и Пифагор. Как свидетельствует Диоген Лаэртский, южноиталийские города изгоняли его за свои ворота, боясь Пифагора – политика и диктатора, а через тридцать лет оспаривали право называться городом последнего прибежища Пифагора. Последним местом жизни этого таинственного для истории и науки учителя и философа считается город Метопонт. Смерть его относят к 497/496 гг. до н.э.