30 сентября — 1 октября 1941 года немецко-фашистские войска начали на московском направлении наступательную операцию «Тайфун». 2 октября 1941 года противник подошел к Спас-Деменску, где ему преградила путь 303-я стрелковая дивизия. Ее воины, отразив шесть вражеских атак пехоты и танков, поддержанных с воздуха, все же вынуждены были отойти под натиском численно превосходящих сил противника.
7 октября 1941 года немецкие войска прорвались к Вязьме, образовав «Вяземский котел». В него попали 19 стрелковых дивизий, 4 танковые бригады 19-й, 20-й, 24-й, 32-й армий и группы генерала Болдина.
Остатки уцелевших подразделений 303-й стрелковой дивизии оказались окруженными в лесу севернее Буды. Вырваться удалось немногим. Сводный отряд под командованием командира дивизии полковника А.Г. Моисеевского, прорвавшийся сквозь кольцо окружения, начал напряженный и утомительные марш по тылам врага.
Только 26 декабря 1941 года около села Каменка Тульской области лейтенант Сапрыкин в составе остатков 303-й стрелковой дивизии вышел к своим. Сразу же был направлен в особый отдел 1-го гвардейского кавалерийского корпуса, затем на пересыльный пункт в город Козельск, а в феврале 1942-го — на проверку в спецлагерь НКВД. В ходе ее выяснилось, что Сапрыкин в боях и в окружении вел себя достойно, оружие и документы сохранил, форму и знаки различия не уничтожил. Политрук М. Карасев, выходивший из окружения вместе с ним, подтвердил: «Сапрыкин настроен патриотически, снова желает на фронт».
Между тем проверка затягивалась. И дальше произошло необъяснимое. В начале апреля 1942 года лейтенант Сапрыкин по неизвестной причине самовольно оставил Гороховецкие лагеря. Вскоре был задержан и предан суду военного трибунала. В послевоенном заключении по его делу сказано: «15 июня 1942 года военным трибуналом 16 стрелковой дивизии в г. Балахна Горьковской области на основании ст. 193–7 п. “г” УК РСФСР осужден к 10 годам лишения свободы в ИТЛ бывший помощник начальника штаба 845 стрелкового полка 303 стрелковой дивизии лейтенант Сапрыкин Владимир Алексеевич, 1916 года рождения…»
Судом Сапрыкин признан виновным в том, что, находясь на проверке в Гороховецких лагерях (после выхода из окружения противника), 5 апреля 1942 года самовольно оставил расположение и находился вне части свыше суток (дезертирство). При задержании 15 апреля 1942 года в Чкаловском районе Сапрыкин пытался скрыться.
В соответствии с примечанием 2 к ст. 28 УК РСФСР суд отсрочил исполнение приговора до окончания военных действий и 27 июня 1942 года Сапрыкин направлен на фронт в составе маршевой роты.
Проверить законность и обоснованность привлечения Сапрыкина к уголовной ответственности в 1942 году за воинское правонарушение не представляется возможным. По сообщению Центрального архива МО СССР архивное уголовное дело за 1942 год в отношении Сапрыкина не сохранилось, оно уничтожено «по истечении срока хранения».
С 17 июля 1942 года по 3 декабря 1943 года В.А. Сапрыкин проходил службу в действующей армии на Западном фронте. Последовательно занимал в 612-м стрелковом полку 144-й стрелковой дивизии должности командира стрелковой роты, помощника начальника штаба полка, старшего адъютанта командира 1-го батальона, командира 2-го стрелкового батальона. В бою в 1942 году был контужен.
12 октября 1942 года Сапрыкину присвоили воинское звание «старший лейтенант», а 6 августа 1943 года — «капитан».
16 января 1943 года коммунисты части приняли его кандидатом в члены ВКП(б), а 10 мая 1943 года — членом ВКП(б).
За смелость и умелые действия по прорыву обороны противника представлялся к правительственным наградам. В наградном листе сказано: