Туда же адмирал стал собирать своих подчиненных – Сорокина (ордер от 11 января 1800 г.), Пустошкина (ордер от того же дня), Войновича (ордер от 14 февраля), предписывая забирать все воинские части и всех больных, чтоб никого не оставлять на чужбине. Общий сбор намечался на начало апреля. Началось исправление кораблей – и вновь административные заботы по обустройству островной греческой власти – например, 2 февраля адмиралом была учреждена комиссия на острове Занте для контроля за расходованием общественных денег, а корфиотские сенаторы вознамерились переписать свою конституцию (весьма злободневно звучат слова адмирала по этому поводу: «Я удивляюсь, что депутаты, знав все таковые обстоятельства и могущие быть беспокойства народные, предпринимают своевольства, вредные самим им для себя, и тем затрудняют и продолжают их решимость в делах, им поверенных»). Хозяйничанье турок тоже расстроило Ушакова – то они все пушки повывезли, да что пушки – «ибо турки, где только не случилось, все ободрали, даже не только чеки изо всех колес вынули, железные горбыли с лафетов и со станков отодрали, на острове Лазаретном, который был под ними с начала и наивсегда, и на крепости Сальвадоре, взятой от неприятеля штурмом, в прах все обращено, на Лазаретном острове строения были наипрекраснейшие, капли ничего не оставили, и камень на камне не остался, остров Видо также весь разорили, на нем станки пушечные даже все ободрали»; то османы нашли запасы соли и распродали их, отношения с местным турецким чиновником – капыджи-пашой – у адмирала не складывались; запасенные турками для русских сухари сгнили, оказавшись замоченными. Тем временем выяснилось, что французские войска выводятся из Египта и имеют намерение захватить Ионические острова, и вот уж турки зовут Ушакова помочь им в перехвате французских судов, идущих из Египта, а англичане и неаполитанский король ввиду временного отбытия Нельсона в Англию стали вновь звать Ушакова для действий против Мальты. Не могло не порадовать Федора Федоровича следующее известие – плод его беспокойства о флоте – в записке адмирала Кушелева Адмиралтейств-коллегии от 15 февраля 1800 г. было сказано: «Государь император, усмотрев из донесений адмирала Ушакова, что суда на Черном море и в Средиземном до того повреждаемы бывают червями, что обшивка почти отваливается прочь и потому самые корабли подвергаются чрез то опасности, высочайше соизволил, все корабли и фрегаты 50‐ и 44‐пушечные, имеющие строиться в тамошних портах, обшивать медью, для чего Адмиралтейств-коллегий, сделав распоряжение, откуда удобнее можно было получать медь, где оную приготовлять к делу сему и во что будет стоить каждого из оных судов таковая обшивка, представить на высочайшее усмотрение». Подразделение Бороздина было приказано переправить в Италию, что и было быстро осуществлено – в том числе из-за хронической недостачи еды на острове. Новые неприятности пришли от англичан – они потребовали у Ушакова разместить в крепости набранные ими наемные албанские войска (2 000 человек); адмирал, ввиду общего протеста местных греков, отказал.