Приходской дом при церкви сослужил неожиданную службу – здесь разместились в 1920-е годы Петроградские высшие богословские курсы – единственное в те годы духовное учебное заведение Русской православной церкви. По данным приходской летописи, приход, который окормлял отец Александр, во время гонений во второй половине 1920-х – первой половине 1930-х годов материально содержал 9 церквей, в том числе такие известные, как Федоровский собор и Борисоглебская церковь на Калашниковской набережной[176]
Сама церковь Исидора Юрьевского продолжала оставаться центром религиозно-нравственного воспитания благодаря подвижничеству другого эстонца – отца Карпа (Эльба), протопресвитера Свято-Исидоровской церкви. В годы оголтелых гонений на веру он создал Детский союз при храме и руководил его работой.Храм закрыли 25 февраля 1935 года и сильно изуродовали как внутри, так и снаружи. Красивый барочный иконостас уничтожили, купола снесли. В 1930-х годах расстреляли всех эстонских священнослужителей ленинградской епархии: протоиерея Карпа (канонизирован в 2002 г.), протоиерея Николая Симо (канонизирован в 2002 г.), протодиакона Петра Симо, протоиерея Иоанна Сарва (канонизирован в 2003 г.). Отца Александра Пакляра арестовали в 1937 году и расстреляли в январе 1938 года. Вместе со священниками репрессировали и значительную часть прихожан. К концу 1930-х годов закрыли все бывшие храмы эстонского благочиния, да и вообще православные храмы. Казалось, православная церковь не только обезглавлена, но перестало существовать и тело церкви.
Но – неисповедимы пути Господни. Рядом с Ленинградом по ту сторону новой государственной границы была Эстония. Преемником расстрелянного епископа Платона в Эстонии стал другой выпускник Рижской духовной семинарии отец Александр (Паулус). Он родился в 1872 году в Орикюла близ Пярну в семье эстонского крестьянина. По окончании семинарии служил в сельских приходах Эстляндии. Его избрали предстоятелем Эстонской православной церкви после признания ее автономии в 1920 году Синодом Русской православной церкви. На долю отца Александра выпала организация церковной структуры и поддержания церковной жизни в самостоятельной Эстонской Республике, когда православная церковь в самой России оказалась фактически в руках обновленцев и подлежала уничтожению со стороны советских властей. В состав Эстонской апостольской православной церкви при митрополите Александре входило 147 приходов. Общее количество православных в Эстонии достигало 210 тысяч человек (130 тысяч эстонцев и 80 тысяч русских) – при численности населения около миллиона. Благодаря усилиям митрополита Александра авторитет православной церкви в Эстонской Республике возрастал из года в год. Когда в России церковь систематически уничтожалась, имущество расхищалось, святыни подвергались осквернению, храмы разрушались, в Эстонии количество православных приходов только возрастало. В 1923—1939 годах в Эстонии построили 15 новых православных храмов.
Сохранились и продолжали действовать старые церкви на русских территориях, отошедших к Эстонии. Так, промыслом Божьим удалось сохраниться Успенскому монастырю в Печорах и многим русским храмам на правом (ныне российском) берегу Нарвы. Их потом уничтожили – после освобождения. Когда в России духовенство уничтожалось тысячами, в Эстонии налаживалась богословская жизнь. В 1933 году при Псково-Печерском монастыре открылась духовная семинария. Тетка автора прошла обучение на право преподавать в школе Закон Божий на специальных курсах в Нарве. За годы пребывания на своей кафедре митрополит Александр рукоположил более ста священнослужителей, в том числе таких известных, как протоиерей Михаил Ридигер (отец патриарха Алексия II), протопресвитер Александр Киселёв, духовник генерала Власова. Через деятельность митрополита Александра протянулась православная традиция в Псковскую миссию – к церковному возрождению России при патриархе Алексии II: «Русский дворянин, европеец по происхождению и рождению, последний церковный, да и какой-нибудь заметный в обществе деятель не советского воспитания…».[177]