Если «моя ежедневная величайшая беда – грехи, язвящие и гложущие мое сердце», – говорит против себя сам о. Иоанн, – то, следовательно, и ему не до конца помогал как будто «против этой беды… ежедневный же величайший Избавитель и Спаситель Иисус Христос»? Нет, такие моменты у него были не редкостью, и скоро уныние исчезало: «Он – Христос – мне ежедневно благотворит невидимо, благостно». «Надо надеяться на Господа при всех искушениях, при всех безотрадных состояниях души: избавит Господь!» «Я – немощь, нищета; Бог – Сила моя! Это убеждение есть высокая мудрость моя, делающая меня блаженным». Как же так? Причина простая. Отец Иоанн прибегал к покаянию. К этому же покаянию он звал и других: если не можешь делать добрые дела; если даже бессилен в молитве своей и надежде на Христа Бога, то прибегай к Нему же в покаянии. И прежде всего о. Иоанн обращает внимание на то, на что мы в церкви – священнослужители – не обращаем внимания, как на вещь известную: «Господи, помилуй». Что значит поемое часто в Церкви: «Господи, помилуй»? «Это – вопль виновного и осужденного на казнь, просящего помилования у раздраженного правосудия. Мы все повинны земному проклятию и вечному огню за свои бесчисленные грехи. И только благодать Господа Иисуса Христа, ходатайствующего о нас пред Отцом Небесным, спасает нас от вечного наказания. Это – вопль кающегося и изъявляющего твердое намерение исправиться и начать новую жизнь, подобающую христианину. Это – вопль грешника кающегося, который готов сам миловать других как безмерно помилованный и милуемый Богом, Судией дел Его». «А так как молитва наша по преимуществу есть покаяние и прошение о прощении грехов», – говорит о. Иоанн, – то этим настроением и проникнуты в сущности и по преимуществу большинство богослужений, кроме праздников Христовых, Богородицы и святых, когда преимуществует славословие, благодарение и хвала. И это покаянное настроение особенно проявляется в дни Четыредесятницы, или Великого поста. Четыредесятница установлена по подражанию нашему Спасителю, давшему нам во всем образ и пример; а Он во время поста был искушаем от диавола и победил его словом Божиим. И по существу своему, покаяние есть самоукорение, но без надежды на самого себя. Так учит нас о. Иоанн: «Знает Господь нашу немощь и поползновение и долготерпит нам, ожидая покаяния и исправления. Скоро слышит молитву тайную и явную; и скоро заступает, милует, спасает, но за искреннее покаяние Господь милует и прощает.