Была создана комиссия по расследованию антиконституционной деятельности ГКЧП. Ее возглавлял Лев Пономарев, и активное участие в ней принимал Глеб Якунин, народный депутат Верховного Совета России. В частности, они занялись розыском документов, говорящих об антиконституционной деятельности КГБ в церковной сфере. Они проработали всего два месяца. За это время они нашли небольшое количество документов, где перечислялись клички, которые КГБ давало иерархам церкви. Причем, как правило, эти клички не были привязаны к фамилиям, поскольку давались оперативными работниками […] Но благодаря некоторой аналитической работе кое-какие клички удалось расшифровать. Через два месяца председателя Верховного Совета Хасбулатова посетил тогдашний патриарх Алексий Второй. С ним встречался также Примаков, на тот момент — руководитель службы внешней разведки. После встречи этих трех людей деятельность комиссии была срочно прекращена.
После этого появился ряд публикаций с расшифровкой имен агентов. Прежде всего, хочется сказать о таком ярком деятеле тогдашнего православия, как митрополит Киевский Филарет (Денисенко) — как установил ряд исследователей, кличка у него была «агент Антонов». Но кроме него еще целый ряд священнослужителей: например, «Аббат» — это был митрополит Питирим, руководитель тогдашнего издательского отдела. А, например, «агент Реставратор» — это был известный митрополит Хризостом, сейчас митрополит вильнюсский430.
Из приведенных примеров понятно, каким образом можно было сделать карьеру в РПЦ в советские годы.
Показательным является наличие при бывшем патриархе Алексии Втором и его преемнике патриархе Кирилле в должности советника (в том числе по экономическим вопросам) бывшего заместителя председателя КГБ генерал-майора Валерия Федоровича Лебедева431, активного пособника ГКЧП, привлеченного к уголовной ответственности вместе с другими участниками неудавшегося государственного переворота, но затем амнистированного. Теперь Лебедев, иногда называвший себя «профессором богословия», возглавил Фонд православного телевидения и был председателем Совета директоров кабельной телерадиокомпании Московской патриархии «Свободное народное телевидение» (СНТ). Назначения на важные для РПЦ должности проходили только с его одобрения.
Но речь шла не только о верхушке РПЦ. Церковь была пронизана агентами госбезопасности сверху донизу.