1987 год. Агент «Потемкин» принимал участие в заседании ЦК Всемирного совета церквей, проходившего в ФРГ. Им получены данные об обстановке в штаб-квартире этой организации, о предстоящих кадровых переменах в руководстве ее подразделений… Для контрразведывательного обеспечения заседания Комитета, продолжения работы Христианской мирной конференции и проведения агентурно-оперативных мероприятий совместно с друзьями (НРБ, ВНР, ГДР, Куба, ЧССР) в ГДР командировались тт. Широкопояс В. Н. и Спиридонов А. М. Туда же маршрутировались 12 агентов органов госбезопасности. В ходе мероприятия нейтрализованы попытки провокационных выпадов в адрес церквей социалистических стран, не допущены невыгодные кадровые изменения, приняты политически выгодные итоговые документы… Начальник 4[-го] отдела полковник Тимошевский.
1988 год. Впервые в составе советской делегации принял участие в генеральной сессии ЮНЕСКО агент «Адамант» из числа иерархов РПЦ… Рассмотрено 5 личных и рабочих дел на агентов территориальных органов, рекомендованных для продвижения в руководящее звено Русской православной церкви. Начальник 4[-го] отдела полковник Тимошевский.
Август 1988 года. По ДОР [дело оперативной разработки] «Аптекарь» проводились мероприятия, направленные на дальнейшую компрометацию объекта перед единомышленниками и связями на Западе […] Через агентуру и другие возможности удалось склонить жену «Аптекаря» обратиться в суд с заявлением о разводе с ним… Начальник 4[-го] отдела полковник Тимошевский.
1989 год. На объекте обслуживания Издательский отдел Московской патриархии установлен агент «Вилы» […] Выпущен и распространяется в церковной и околоцерковной среде очередной номер журнала «Слово», издаваемый под контролем нашей агентуры. Начальник 4[-го] отдела полковник Тимошевский.
В целях конспирации КГБ давал клички не только своей агентуре, но и тем, кто являлся «объектами оперативного наблюдения, учета или разработки». Человек, скрытый под псевдонимом «Аптекарь», — Александр Огородников, религиозный диссидент, с которым КГБ вел борьбу. Священник Александр Мень имел кличку «Миссионер»; академик Андрей Сахаров — «Аскет»; его жена Елена Боннэр — «Лиса», писатель Александр Солженицын — «Паук».
Засилье агентуры госбезопасности в РПЦ наблюдалось на всех уровнях церковной иерархии. К такому выводу, в частности, пришла Комиссия президиума Верховного Совета РФ, расследовавшая действия ГКЧП. В документе, опубликованным Комиссией, о роли РПЦ говорилось так: