Тем не менее все эти годы, с сентября 1943 по февраль 1960 года, Карпов оставался председателем Совета по делам РПЦ. Только после исключения из партии в январе 1960-го за преступления в годы сталинизма его сменил генерал КГБ Владимир Куроедов.
С момента создания 5-го Управления КГБ на должность заместителя председателя Совета всегда назначался офицер 4-го отдела 5-го Управления. Именно этот отдел курировал руководство всех конфессий. Должность эта по ведомству КГБ соответствовала генеральской.
В середине 1960-х через слияние двух органов, подведомственных Совету министров СССР, — Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов (образованного еще 19 мая 1944 года) — создали Совет по делам религий при Совете министров СССР. Это орган принимал решения о регистрации или снятии с регистрации религиозных объединений, об открытии или закрытии молитвенных зданий и домов, и осуществлял связь между правительством СССР и религиозными организациями в СССР и за рубежом — так как формально советское государство декларировало свое невмешательство в дела церкви и других религиозных организаций.
Все служители культа в СССР для осуществления своей деятельности должны были иметь регистрацию Совета, контролировавшего органы управления всех религиозных организаций, в том числе Святейший синод РПЦ. Заместитель председателя Совета Валентин Фурсов, отчитываясь перед ЦК КПСС за период 1974 — начала 1975 года, писал, что
Термин «доверительные контакты» являлся профессиональным в деятельности спецслужб и в отчете Фурсова использовался не случайно. До момента исчезновения с карты государства под названием Советский Союз и упразднения монополии КПСС на власть, то есть до 1992 года, должности заместителей председателей указанных религиозных организаций занимали офицеры ДР КГБ, являвшиеся сотрудниками 4-го отдела 5-го Управления. Подчиненность их по ведомству прикрытия была лишь номинальной. Как вспоминал бывший председатель Совета по делам религии (1985–1990) Константин Харчев,
В общем, отношения между кураторами из госбезопасности и служителями культа были «сугубо профессиональные».
После падения советской власти достоянием гласности стало наличие большого числа завербованных госбезопасностью агентов из числа руководителей-иерархов РПЦ. Так, прежний патриарх РПЦ Алексий Второй (А. М. Ридигер) в течение десятилетий состоял в агентурном аппарате советской госбезопасности под оперативным псевдонимом «Дроздов», как и его преемник патриарх Кирилл, работавший на госбезопасность под псевдонимом Михайлов. Вот что писал об этой проблеме в открытом письме священник Глеб Якунин патриарху Алексию Второму: