Андропов сумел, не участвуя в боевых действиях партизан в Карелии во время Отечественной войны, прославиться как организатор партизанского движения. Бывший первый секретарь Карело-Финского обкома ВКП(б) Геннадий Куприянов, в годы войны член Военного совета Карельского фронта, организатор подполья и повседневный руководитель подпольных райкомов, вспоминал, что во время войны вопрос об отправке Андропова на работу в подполье ставился несколько раз:
Но Юрий Владимирович сам не просился послать его на войну, в подполье или партизаны, как настойчиво просились многие работники старше его по возрасту. Больше того, он часто жаловался на больные почки. И вообще на слабое здоровье. Был у него и еще один довод для отказа отправить его в подполье или в партизанский отряд: в Беломорске у него жила жена, она только что родила ребенка. А его первая жена, жившая в Ярославле, забрасывала нас письмами с жалобой на то, что он мало помогает их детям, что они голодают и ходят без обуви, оборвались (и мы заставили Юрия Владимировича помогать своим детям от первой жены). [...] Все это, вместе взятое, не давало мне морального права применить высшую силу, высшее право послать Ю. В. Андропова в партизаны, руководствуясь партийной дисциплиной. Как-то неудобно было сказать: «Не хочешь ли повоевать?». Человек прячется за свою номенклатурную бронь, за свою болезнь, за жену и ребенка.
Нелестные слова об Андропове Куприянов написал после нескольких лет пребывания в тюрьме в связи с так называемым «Ленинградским делом» 1948 года, причем арестовали Куприянова отчасти из-за Андропова. Вот что он вспоминает:
В июле 1949 года, когда руководящие работники Ленинграда были уже арестованы, Маленков начал присылать к нам в Петрозаводск комиссию за комиссией, чтобы подбирать материал для ареста меня и других товарищей, ранее работавших в Ленинграде. Нас обвиняли в следующем: мы, работники ЦК КП [...] политически близорукие люди, носимся с подпольщиками и превозносим их работу, просим наградить их орденами. А на самом деле каждого из тех, кто работал в тылу врага, надо тщательно проверять и ни в коем случае не допускать на руководящую работу. Кое-кого и арестовать! Я сказал, что у меня нет никаких оснований не доверять людям, что все они честные и преданные партии, что свою преданность родине они доказали на деле, работая в тяжелых условиях, рискуя жизнью.