1989 год. На объекте обслуживания Издательский отдел Московской патриархии установлен агент «Вилы» [...] Выпущен и распространяется в церковной и околоцерковной среде очередной номер журнала «Слово», издаваемый под контролем нашей агентуры. Начальник 4[-го] отдела полковник Тимошевский.
В целях конспирации КГБ давал клички не только своей агентуре, но и тем, кто являлся «объектами оперативного наблюдения, учета или разработки». Человек, скрытый под псевдонимом «Аптекарь», — Александр Огородников, религиозный диссидент, с которым КГБ вел борьбу. Священник Александр Мень имел кличку «Миссионер»; академик Андрей Сахаров — «Аскет»; его жена Елена Боннэр — «Лиса», писатель Александр Солженицын — «Паук».
Засилье агентуры госбезопасности в РПЦ наблюдалось на всех уровнях церковной иерархии. К такому выводу, в частности, пришла Комиссия президиума Верховного Совета РФ, расследовавшая действия ГКЧП. В документе, опубликованным Комиссией, о роли РПЦ говорилось так:
Комиссия обращает внимание руководства РПЦ на антиконституционное использование Центральным комитетом КПСС и органами КГБ ряда церковных органов в своих целях путем вербовки и засылки в них агентуры КГБ. Так, по линии Отдела внешних церковных сношений выезжали за рубеж и выполняли задания руководства КГБ агенты, обозначенные кличками «Святослав», «Адамант», «Михайлов», «Топаз», «Нестерович», «Кузнецов», «Огнев» «Есауленко» и другие. Характер исполняемых ими поручений свидетельствует о неотделенности указанного Отдела от государства, о его трансформации в скрытый центр агентуры КГБ среди верующих. Через посредство агентуры держались под контролем международные религиозные организации, в которых участвовала и РПЦ: Всемирный совет церквей, Христианская мирная конференция, Конференция европейских церквей [...] Председатель КГБ СССР Ю. Андропов докладывал ЦК КПСС о том, что КГБ держит под контролем отношения РПЦ с Ватиканом.
Такая глубокая инфильтрация агентуры спецслужб в религиозные объединения представляет собой серьезную опасность для общества и государства [...] Как показал государственный переворот 19–21 августа 1991 года, возможность использования религии в антиконституционных целях была реальной. Глубокую обеспокоенность вызывает визит митрополита Питирима (Нечаева) к объявленному президентом России вне закона государственному преступнику Б. К. Пуго 21 августа 1991 года. На дипломатическом языке — это признание «де-факто». Питательной средой для такого визита явилось то обстоятельство, что Издательский отдел Московской патриархии контролировался агентурой КГБ. В отчетах 5-го Управления КГБ СССР по линии Издательского отдела постоянно упоминаются агенты «Аббат» (из иерархов) и «Григорьев», часто ездившие за рубеж и, очевидно, занимавшие (занимающие) высокие посты в этом учреждении.