Несомненная вина в сложившемся положении — на КПСС и подотчетных ей органах государства. Но несомненно и то, что сами религиозные объединения не знают всей правды о своих сотрудниках. Люстрация церковной агентуры могла бы быть жестким, даже жестоким актом по отношению к Церкви, и без того много пострадавшей. Комиссия считает, что лучше, если верующие сами найдут способ очищения от привнесенных, антиконституционных элементов. Но, к сожалению, руководство Церкви до сих пор не высказало официального отношения к проблеме своей деполитизации. Референт патриарха Алексия II, диакон Андрей Кураев, объявил публикации о материалах Комиссии гонением на Церковь и даже «триумфом» самого КГБ («Московские новости» № 10 за 1992 год). Однако архиепископ Вильнюсский Хризостом, по существу, опроверг диакона Кураева и рассказал о своем 18-летнем сотрудничестве с КГБ («Российская газета» № 52/388 за 1992 год, стр. 7).
Ввиду отсутствия официальной точки зрения руководства Церкви, Комиссия рекомендует внести в канонические и гражданские уставы запреты на тайное сотрудничество ответственных работников Церкви с органами государства, а также изучить предшествующую деятельность своих органов управления и международных отделов в свете соответствия этой деятельности конституционному принципу отделения Церкви от государства. Со своей стороны, для устранения опасности использования Церкви в антиконституционных целях, Комиссия предложила внести поправки в действующее законодательство, воспрещающие привлекать священнослужителей к оперативно-розыскной деятельности. Однако добиться практического исполнения этого положения можно только при запрете с обеих сторон — и со стороны государства, и со стороны самой Церкви. Комиссия выражает надежду, что РПЦ сможет преодолеть тяжелое наследие прошлого.
1992 г. Председатель Комиссии,
народный депутат Л. Пономарев.
В 1986 году КГБ арестовал писателя Павла Проценко, занимавшегося историей преследований Русской православной церкви. Ряд известных советских писателей выступили в его защиту. Однако 18–19 ноября 1986 года Проценко приговорили к трем годам лагерей общего режима за «клевету на советский государственный и общественный строй». В 1987 году, после начавшейся в стране перестройки, Проценко освободили и полностью реабилитировали. В интервью «Радио Свобода» он позже рассказывал: