Стоит завершить историю Запорожской Сечи. После Конотопской битвы неприятности для России не закончились, и они опять были связаны с запорожскими казаками. В Польше не ожидали такого исхода Конотопской битвы и были очень удивлены. Польше, занятой войной со Швецией, некогда было воспользоваться выгодной для неё ситуацией, но в 1660 году в нескольких сражениях поляки окончательно разбили шведов и очистили от них территорию Польши. После чего воодушевлённые освобождением и победами поляки решили вернуть потерянные территории и начали войну с Россией с помощью казаков. Ситуация в Запорожской Сечи в этот период была сложной и запутанной.
Запорожские атаманы в это время перессорились между собой и переизбрали гетмана, сняв с этого поста Выготского. Амбициозный
Выготский надеялся получить высокий пост в Польском государстве, получил, но не такой высокий как надеялся. Разочарованный Выготский обиделся на поляков, а он, кстати, сам был выходец из польской шляхты, и обратился к православному митрополиту Иосифу с покаянием и с горячим желанием перейти на сторону России и исправить свои ошибки «искупительными подвигами», чтобы митрополит был переговорщиком- посредником с российской стороной. Митрополит Иосиф благословил его на ратный искупительный подвиг, но Выготский не успел ничего совершить, ибо поляки скоро об измене Выготского прослышали и спешно его расстреляли.
В начавшейся войне с Польшей Россия терпела поражения. На западном фронте в Белоруссии потерпела ряд поражений российская армия во главе с князем Хованским, поляки вернули себе литовские земли и белорусские земли и двигались на Москву, стремились вернуть себе Смоленск.
В этой ситуации Россия в 1661 году в местечке Кардис срочно заключила мир со Швецией.
На южном фронте дела России были ещё хуже. Там возникла запутанная ситуация с запорожскими казаками. После казни Выготского часть казачества отшатнулась от Польши и выразила опять симпатии России. Эти группировки воевали между собой и казнили друг друга. А хитрый гетман Дорошенко умудрился с помощью российских воевод в Киеве казнить атаманов и казаков — сторонников России.
Одни казаки воевали на стороне русских, другие на стороне поляков. Третьи разбойничали сами по себе или с крымскими татарами. Причём обычно авторы большинства книг и учебников идеализируют запорожских казаков — одни сражались фанатично за православную веру, а другие за католическую, ничего подобного — чаще всего выбор стороны казаками был по принципу — кто больше заплатит. И поляки и русские везли на Днепр мешки с деньгами. И в этом соревновании Алексей Романов стал проигрывать. В результате затяжной войны с Польшей и Швецией в России опустела казна, заканчивались золотые и серебряные деньги, поэтому Алексей Романов решил провести денежную реформу — ввёл в оборот «неуважительные» медные деньги.
Когда российская часть казаков получила медные деньги, то казаки возмутились, насмешливо говорили — московский царь нам скоро пришлёт «паперные грошы» — то есть бумажные. Это, похоже, и стало причиной трагедии русской армии, посланной из Москвы в Малороссию под командованием Шереметьева. Во время сражения русской армии с польской под городком Чудново на Волыни запорожская армия под руководством сына Б. Хмельницкого Юрия и атамана Тетери изменила, предала и перешла на сторону польской армии. Юрий Хмельницкий и Тетеря присягнули польскому королю.
Огромная русская армия потерпела тяжёлое поражение, более того — она полностью попала в плен. Шереметьев был вынужден сдаться, сложить оружие и знамена. Поляки решили поступить благородно и одновременно коварно — оставили себе артиллерию и оружие, а русскую армию отпустили домой, в Россию. Коварство состояло в том, что они знали казаков и были уверены, что они не откажутся от такой добычи и обязательно нападут на возвращающихся безоружных русских. Так оно и вышло. Только самая ленивая казацкая шайка этим не воспользовалась. Огромное количество пленных русских казаки продали в рабство татарам и туркам, а те перепродали их дальше.
Если посчитать все людские и материальные потери российской стороны во всех сражениях, то желание Алексея Романова удержать, вернуть Восточную, Левобережную Украину в состав России обошлось очень дорого. Проследим далее завершение этой истории.