Финансовый совет состоял из трех знатных лиц, трех специалистов (главного казначея и «уполномоченных») и нескольких клерков. Он управлял доменами короны, обеспечивал поступление сборов со всех регалий суверена, вел надзор за состоянием финансов, ведал коронными займами. Исполнительными и контрольными финансовыми органами, особенно в сфере взимания налогов, были Счетная и Казначейская палаты в Лилле и Мехельне и Монетный двор, ведавший чеканкой монеты и связанной с этим юрисдикцией.
Верховным апелляционным судом был Большой совет в Мехельне, состоявший из высокоученых юристов «обоих прав» — светского и церковного. Ленная палата ведала ленными владениями, Адмиралтейство в Феере — морской торговлей и судоходством.
Реформы судов инквизиции и епископств в 1522–1525 и 1559 гг. централизовали борьбу с ересями: принадлежность к ним считалась государственным преступлением.
Центральные государственные органы опирались на плотную сеть областных административно-судебных учреждений и должностных лиц (бальи, маркграфы и дросты, возглавлявшие местную администрацию в дистриктах, бальяжах и других территориальных единицах, епископские и сеньориальные органы власти).
Абсолютистско-бюрократическому аппарату противостояла система представительных органов, учреждений, норм обычного права, частично кодифицированного, и привилегий. Первое место принадлежало соответственно Генеральным штатам и штатам областей. Их депутатами были католические прелаты, дворяне, представители городов из патрицианских кланов и верхушки бюргерства; в зонах с фризским населением и фризским правом в штатах заседали и делегаты вольных крестьян-общинников. Генеральные штаты собирались только по распоряжению короля в экстренных случаях и для вотирования налогов.
В областях высшая юридическая и административная власть принадлежала судам и статхаудерам, обладавшим значительной автономией. Судебные дела на местах рассматривались коллегиями из горожан или крестьян на основе норм обычного права. В светских и духовных сеньориях распоряжались сеньориальные власти.
Большинство городов пользовалось значительной автономией и самоуправлением. Городские советы (магистраты) ежегодно переизбирались коллегиями, состоявшими из бывших членов магистратов, патрициата и верхушки бюргерства — фрудсхапен, которые контролировали деятельность городских властей, а в чрезвычайных условиях могли брать в свои руки управление городом. В магистратах бургомистры ведали повседневным управлением, а одна или две «скамьи» шеффенов — судопроизводством. В крупных городах дополнительно создавались небольшие отраслевые «комиссии». Вооруженные силы городов — милиции (стрелковые гильдии) набирались из цеховых ремесленников; офицерами назначались обычно члены фрудсхапен. С XV в. представители милиций приглашались на особо важные заседания магистратов. Кроме того, города имели круглосуточную стражу. Высшая исполнительная власть в них обычно принадлежала схауту, порою председательствовавшему в местных судах. Города непреклонно защищали свои привилегии от посягательств королевских властей, иногда дело доходило до восстаний.
Абсолютистская политика Филиппа II противостояла прогрессивному развитию страны и ее государственно-правовой системе. Генеральные штаты фрондировали, не желали принимать навязываемые им решения. В центральных органах заправляли испанцы и их приспешники, особенно после создания герцогом Альбой «Совета по делам о мятежах», который подчинил себе отраслевые советы. Нарушение прав и традиционных привилегий стало нормой, если даже формально они не отменялись.
Восстания 1572 г. на севере и 1576 г. (охватившее всю страну) создали качественно новую ситуацию. Суверенитет Филиппа II признавался лишь номинально и постоянно подрывался.
Уже в период между восстаниями 1572 и 1576 гг. экипажи морских судов и сухопутные отряды гёзов, не считаясь с законами против еретиков, громили католические церкви и монастыри. Испанских пособников смещали с должностей и казнили. Милиции, городской люд вмешивались в решение местных дел. Штаты Голландии и Зеландии признали правителем Вильгельма I Оранского, лишенного Филиппом II всех прав и должностей. Они вели военные действия против войск испанских наместников, заключали договоры с иноземными державами, приглашали к себе их воинские части, что противоречило существовавшим государственно-правовым нормам. «Гентское умиротворение» от 8 ноября 1576 г., несмотря на верноподданнические декларации, было ударом по прерогативам Филиппа II: Генеральные штаты собрались самочинно, объявили всеобщую политическую амнистию и отменили эдикты («плакаты») против еретиков; Голландия и Зеландия, хотя и в качестве «временной меры», получили автономный статус и право введения кальвинизма.