После восстания 1576 г. вмешательство городских милиций, военных формирований гёзов, революционных «комитетов 18-ти» в принятие решений городскими магйстратами и штатами вообще не укладывалось в прежние нормативы. Последующие соглашения об уравнении в правах католиков и кальвинистов прямо противоречили всей политике Филиппа II. Создание Военного и Государственного советов постановлениями Генеральных штатов в 1576 и 1577 гг. нарушало суверенные права короля. Утрехтская уния, подписанная большинством северных провинций, Фландрией и рядом городов Брабанта, фактически не оставляла места королевской власти и заложила базу для создания государства нового типа — Республики Соединенных провинций. Акт о низложении Филиппа II в июле 1581 г. логически завершил все эти события.
Новый период в истории формирования государственного строя в Республике характеризовался переходом от отдельных изменений существовавших порядков к относительно последовательным реформам, созданию системы соподчиненных учреждений.
Утрехтская уния от 23 января 1579 г. рассматривалась как основополагающий конституционный документ: члены унии обязались бороться против всех ее внешних противников, не выходить из унии и не заключать сепаратных соглашений с третьими державами; иметь свои военные силы; всемерно укреплять города и их гарнизоны; установить налоги на содержание войск и военного флота. Вопросы мира и войны, налогообложения, заключения внешних договоров решают Генеральные штаты на основе единогласия. Штаты провинций ведают делами местного значения. Внутренние конфликты улаживаются сообща или при посредничестве статхаудеров и специально создаваемых комиссий; соблюдаются все привилегии; религиозные дела регулируются провинциями на основе «религиозного мира». Заседания Генеральных штатов назначают уполномоченные на то должностные лица. Унифицируется денежная система. Все корпорации приносят присягу на верность унии.
Политический строй Республики складывался постепенно. Верховный суверенитет с середины 80-х годов XVI в. принадлежал Генеральным штатам. Каждая правомочная провинция располагала в них одним голосом, но на заседания приезжали делегации. С 1593 г. Генеральные штаты стали повседневно работающим органом, заседали в них уже не все депутаты, а лишь особая коллегия «командированных советников», обладавшая реальной властью. В полном составе Генеральные штаты собирались лишь 1–2 раза в год. Депутаты голосовали на основании императивного мандата, усложнявшего всю процедуру принятия решений. Статхаудер мог участвовать в их заседаниях, но права голоса не имел. Генеральные штаты издавали общие законы, управляли зависимыми от Республики землями; контролировали деятельность высших отраслевых административных и судебных учреждений, утверждали в высших должностях. Первое место в аппарате Генеральных штатов занимал великий пенсионарий Голландии. Он готовил и вносил предложения, направляя работу Генеральных штатов, ведал иностранными делами. Второе место принадлежало секретарю, отвечавшему за все делопроизводство. Деятельность Генеральных штатов постепенно строго регламентировалась, устанавливался точный церемониал заседаний, приема иноземных послов.
После низложения Филиппа II объем компетенции Генеральных штатов и статхаудеров возрос: государственные дела вершили уже не Габсбурги, а правящая патрицианско-купеческая олигархия и принцы дома Оранских-Нассау.
Отраслевые советы были сметены восстанием 1576 г. Постановлением Генеральных штатов от 26 сентября 1576 г. был учрежден Военный совет, состоявший из представителей феодальной аристократии юга и осуществлявший высшее военное руководство и некоторые функции прежнего Государственного совета; позднее Генеральные штаты сформировали Государственный и Военный советы, а также две палаты — Посланий и Налоговую.
Государственный совет по инструкции 1584 г. обладал меньшими правами, чем до революции: ведал внешней политикой и армией, затем Генеральные штаты отстранили его от внешнеполитических дел, ограничивали его финансовые полномочия. В него в зависимости от размеров квот по «генералитетскому сбору», вносившихся провинциями, входили: от Голландии — 3, Хелдера, Зеландии и Фрисландии — по 2, от остальных — по 1 члену. Несколько лет в нем оставались два представителя от Англии. Решения принимались большинством голосов. Первенствовали в нем представители регентско-купеческого патрициата.