В XIV в. началось общее наступление на права церкви, поддерживавшей Габсбургов. Церковная юрисдикция была сильно урезана «Грамотой о священниках» 1370 г. На протяжении XV в. власти кантонов установили свой патронат над многими городскими и сельскими церквами, определяли круг полномочий и обязанности священников, размеры пребенд, назначали их на должности, распоряжались церковными землями. Архиепископ Констанцский сохранил лишь функции чисто церковного надзора, ослабло влияние епископов соседних диоцезов. В Швейцарии к началу XVI в. была пройдена часть пути, которую другие страны Европы проделали лишь во времена Реформации.
Торжество Реформации в Цюрихе (1523 г.), а затем в Женеве (1536 г.), проникновение ее в другие кантоны, союзные земли и фогтства создало новые проблемы, связанные с эволюцией государственного строя Конфедерации, ее внешнеполитической ориентацией. Усилились центробежные тенденции, особенно с созданием католического Зондербунда 1526 г., а затем реформатского в 1528 г. Множество конфликтов возникло по вопросам о допущении «повой веры» в совместно контролируемых или управляемых союзных землях и фогтствах. Попытки подавить цвинглианство авторитетом Тагзатцунга 1524 г. успеха не имели. Вспыхнули внутренние войны между обоими религиозно-политическими союзами. Первый Кап-пельский мир 1529 г. объявлял о сохранении практики регулярных присяг в верности Конфедерации, союз католических кантонов с Австрией был объявлен расторгнутым, решение о принятии той или иной веры предоставлялось властям кантонов, а в фогтствах — локальным общинам. Военное поражение 1531 г. похоронило вместе с Цвингли и его планы политического преобладания реформированных городских кантонов. По второму Каппельскому миру реформатский союз был распущен, созыв сепаратных Тагзатцунгов воспрещался, компромиссно решился вопрос о распространении реформации в союзных землях и фогтствах. Признание принципа «чья власть, того и религия» не устранило множества религиозно-политических конфликтов. Провал попыток Буллингера достигнуть соглашения с Лютером привел к объединению разных реформатских течений в Швейцарии на базе «Тигуринского консенсуса» 1549 г. и «Второго гельветического символа веры», де-факто признанного властями Конфедерации. Прежнее противостояние сельских и городских земель уступило место противостоянию католических и реформированных кантонов.
Внутри католических земель местные власти признали решения Три-дентского собора, но всемерно ограничивали компетенцию духовенства в светских делах, секуляризовали церковно-монастырские земли или устанавливали над ними свой контроль. В реформированных землях, прежде всего в Цюрихе и Женеве, Реформация опиралась на развитие раннебуржуазных форм производства и обмена.
Идея Цвингли о полной самостоятельности реформированной церкви в условиях острой внутренней и внешнеполитической борьбы уступила место супрематии кантональных властей. Они распоряжались секуляризованными имуществами, используя их не только на богоугодные цели и нужды реформатской церкви, но и для укрепления кантональных финансов, покрывая потери, связанные с запрещением военного наемничества. Проповедники с кафедр читали и проповеди, и постановления городских властей. Регистрацией браков, рождений и смертей ведали не только церковь, но и Совет Цюриха. Военные союзы с имперскими протестантскими князьями усиливали тенденцию к полному подчинению церкви кантональным властям.
Кальвин создал более стройную теорию и практику взаимоотношений реформированной церкви с государством. Исходя из постулата, что духовная свобода может сочетаться с подчинением светским властям, а всякая власть — от Бога, Кальвин оставлял наказание «безбожных тиранов» промыслу Божьему, не одобрял тираноборческих идей французских гугенотов и лишь в крайнем случае допускал пассивное сопротивление тиранам народа, руководимого представителями местных властей. Лучшим типом власти он считал правление аристократии или умеренную демократию. Тезис, постулирующий полную свободу церкви, «не пересекающуюся» с гражданской властью, на практике оказался несбыточным. Постепенно складывались реально осуществимые формы церковной организации, светской власти и их взаимоотношений на основе республиканского принципа.
Основой церковной организации стала церковная община, подчиненная жесткой дисциплине вышестоящих инстанций: приходского совета, коллегии, консистории и синода. Церковь была призвана сотрудничать со светскими властями Женевы и подчиняться им. По этим вопросам возникало наибольшее число трений и конфликтов и при жизни Кальвина, и при его преемниках, отстаивавших право проповедников на открытое и независимое порицание ошибок и злоупотреблений властей, а также на сопротивление тиранам. Вместе с тем городской Совет Женевы вменял в обязанность проповедникам сообщать ему сведения, полученные на исповеди, что вызывало недовольство и общин и пасторов. В целом же влияние кальвинистской церкви на деятельность светских властей в конце XVI в. уменьшилось.