В 1541 г. султан вернул в Молдавское княжество Петра Рареша с условием увеличения хараджа до 12 тыс. золотых, сохранения османского гарнизона в Сучаве, признания территориальных изменений, а также присылки его сына в Стамбул в качестве заложника. Рареш снова попытался установить связи с Габсбургами, но его антиосманским планам не суждено было осуществиться. Порта усилила политическое и экономическое давление на Молдавское княжество. Один из преемников Рареша должен был по приказу султана участвовать в османских военных экспедициях 1551 и 1552 гг. против сторонников Габсбургов в Трансильвании. При утверждении нового молдавского господаря в 1553 г. Порта увеличила харадж до 30 тыс. золотых.
Укреплению позиций султана в княжестве способствовала внутриполитическая неустойчивость, вызванная оппозицией крупного молдавского боярства центральной власти. Выступая против усиления того или другого господаря, выдвигая новых претендентов на престол с целью обеспечения своих интересов, боярские группировки пытались заручиться поддержкой Габсбургов или Польши. Порта использовала такую обстановку для смещения неугодных ей господарей и все большего вмешательства в дела княжества.
Внутренние распри, военные действия, связанные с воцарением господарей, возросшие султанские требования разоряли княжество, ухудшали его экономическое положение.
К концу XVI в. в Молдавском княжестве усилились освободительные стремления. Наряду с попытками получить помощь извне господари использовали антиосманские настроения внутри княжества. В 1574 г. движение против султана возглавил господарь Ион Вода, опиравшийся на отряды служилых и ополченцев из крестьян и горожан. На стороне господаря выступили вначале и отдельные группы бояр. На помощь ему пришли отряды запорожских казаков гетмана Ивана Сверчевского. Но превосходящими военными силами, к которым примкнули и татары, султан подавил движение. В решающем сражении у Катульского озера 10 июня 1574 г. бояре предали Иона Воду. Мятежный господарь был казнен султаном, княжество подверглось страшному разорению. Расправа с Ионом Водой вызвала новую волну освободительных движений, которые поддерживали прибывавшие в княжество запорожские казаки. В ходе этих движений появлялись многочисленные претенденты на молдавский престол, выдававшие себя за близких родственников Иона Воды и использовавшие антиосманские действия для достижения власти.
К концу XVI в. прочно утвердилась вассальная зависимость Валашского и Молдавского княжеств от Османской империи, оформились условия вассалитета. Дань султану стала ежегодной. Обязанность княжеств выставлять отряды войск во главе с господарем для участия в османских военных экспедициях превратилась в постоянную. Порта присвоила себе право утверждать на валашском и молдавском престолах господарей, избираемых местными боярами. Господари были обязаны посылать в Стамбул сыновей или близких родственников в качестве заложников.
Используя политическое господство крупного боярства и внутренние распри различных боярских группировок, а также сложное внешнеполитическое положение княжеств, султан постепенно подчинил себе их социально-политическую систему, хотя юридически княжества продолжали сохранять государственную автономию. Господарь и боярский совет, который по османскому образцу стал называться диваном, превратились во второй половине XVI в. в главный инструмент османской экономической эксплуатации княжеств, которая была выгоднее Порте, чем их прямое подчинение.
Право утверждения избираемых боярами господарей превращается с конца XVI в. в систему прямого назначения их султаном без совета с боярством, что приводило к росту денежной суммы, уплачивавшейся претендентом за получение престола. Кроме того, Порта установила периодическое утверждение господаря на престоле с уплатой определенной суммы через каждые три года, а затем и ежегодно.
Система назначений делала невозможным утверждение в княжествах неугодных Порте господарей, в том числе претендентов, поддерживаемых Габсбургами и Польшей. Как средство политического давления и выкачивания денег из княжеств Порта все чаще стала использовать многочисленных претендентов на господарство, готовых заплатить любую сумму за престол. Заинтересованность султана и его сановников в увеличении средств, выкачиваемых из княжеств, приводила к частой смене господарей. Только за XVI–XVII вв. на валашском престоле сменилось 48 господарей, на молдавском — 50. Расходы претендентов и господарей на приобретение престола и его сохранение тяжело отражались на экономике княжеств и ложились непосильным налоговым бременем на население.
Неизбежным результатом этих явлений, связанных с усилением вассальной зависимости княжеств от Османской империи, было падение с конца XVI в. значения института господарей, а следовательно, ограничение внутренней функции сохранявшейся в системе империи государственности княжеств.