Наряду с политическими обстоятельствами важнейшей причиной упадка французского протестантизма было мощное движение обновления католицизма на грани XVI–XVII вв., сочетавшееся с систематическим контрнаступлением на реформационную церковь.
Контрреформация началась во Франции еще в годы религиозных войн: В королевстве активно действовал орден иезуитов, лишь временно изгнанный при Генрихе IV, имел место и разгул католического фанатизма. Поздним проявлением Контрреформации явилась и постепенная ликвидация кальвинизма в XVII в. Вместе с тем во Франции не была введена инквизиция, а еретиков судили королевские трибуналы, пока Нантский эдикт не прекратил преследований протестантов. Не были во Франции официально приняты и постановления Тридентского собора, хотя в 1615 г. генеральная ассамблея клира выразила солидарность с ними. Но даже и галликанская церковь не во всем разделяла позицию папства. Между французской короной и римской курией в XVII в. сохранялись сложные отношения, и на международной арене Франция нередко выступала в союзе с протестантскими государствами, что отчасти определило временную терпимость к гугенотам. В итоге Контрреформация не получила во Франции такого размаха, как в других государствах.
Поддерживаемая монархией, галликанская церковь в целях укрепления своих позиций стремилась к духовному и организационному обновлению. Тяжелейший морально-психологический кризис гражданских войн вызвал значительное усиление религиозных чувств. Охватившее светское общество религиозное рвение явилось фоном реформы церкви.
Под влиянием проповеди Франсуа де Саля о божественной благодати, побуждавшей людей творить добрые дела, в начале XVII в. распространяется благотворительность, создаются различные благотворительные организации. Ревностными мирянами было организовано также тайное «Общество святых даров», ставившее своей целью всевозможное содействие церкви и вскоре превратившееся во влиятельную политическую мафию («заговор ханжей»).
Одновременно создавались новые и реорганизовывались старые монашеские ордена. Так, были реформированы многие бенедиктинские монастыри, часть которых объединилась в конгрегацию св. Мавра, известную строгостью устава и эрудитскими изысканиями своих членов. Во Франции вводится и вскоре приобретает широкую популярность орден кармелиток. Монашеские ордена, особенно капуцины, не ограничиваются укреплением внутренней дисциплины, но и ведут миссионерскую деятельность в королевстве, пытаясь поднять авторитет церкви в массах. Венсан де Поль основал специальный орден Миссии, целью которого была организация религиозного просвещения и системы благотворительности в сельской местности. Но более всего делом религиозного просвещения занимались иезуиты, покрывшие страну сетью колледжей, крупнейшим из которых был Клермонский.
Не менее активно проводилась и реформа клира. В 1611 г. Пьер де Берюль создал конгрегацию Оратории, которая в педагогической и ученой деятельности соперничала с иезуитами. Повсеместно появляются епископы-реформаторы, энергично добивавшиеся в своих диоцезах соблюдения клиром дисциплинарных требований Тридентского собора. Создаются многочисленные семинарии, ведущие подготовку приходских священников. Наиболее знаменитой из них была парижская Сен-Сюльпис. В итоге к середине столетия на смену привычному средневековому типу сельского священника, полуграмотного, погрязшего в мирских заботах и даже редко носящего рясу, выступает новый тип достаточно подготовленного, деятельного, храпящего пастырское достоинство и оказывающего немалое влияние на верующих хозяина прихода.
В результате этого влияние церкви во Франции XVII в. значительно возросло: традиции полуязыческой народной религиозности средневековья постепенно изживались; письменная культура, распространяемая церковными преподавателями, вытесняла устную смеховую культуру масс.
Несмотря на догматическое размежевание с протестантизмом, католицизм XVII в. испытал его значительное влияние, что проявилось в первую очередь в признании необходимости внутреннего благочестия. Но между католической и протестантской религиозностью сохранялись и весьма существенные различия, главным из которых был относительный оптимизм официального католицизма. В XVII в. в католической церкви складывается особое, янсенистское движение, более близкое протестантизму, чем официальный католицизм. Находившиеся под влиянием теологии Августина богословы утверждали, что необходимая для спасения благодать достигает своей цели безусловно, независимо от усилий человека. Иезуитские же теологи, усматривая в августинизме опасную близость с кальвинистским догматом о предопределении, полагали, что благодать создает лишь возможность для спасения, осуществление которой зависит от свободной воли человека.