Кульминацией классовой борьбы крестьянства в этом регионе было восстание 1595–1597 гг. в Верхней и Нижней Австрии. Вооруженные отряды «Союза крестьян» изгоняли католических священников, захватывали замки, требовали отмены всех крепостнических новшеств, введенных за последние 200 лет. Крестьян возглавил трактирщик Таш, человек умеренных взглядов, сторонник переговоров с королем. К осени 1596 г. восстание распространилось и на Нижнюю Австрию. Повстанцы захватили ряд замков и монастырей, в феврале 1597 г. создали общее войско во главе с сельским ремесленником Маркграбером. Но начатая осада г. Штейра шла неудачно; Таш отозвал свои отряды и возобновил переговоры в Праге. Тем временем королевские войска разгромили отряды Маркграбера и подавили восстание в Нижней Австрии. «Интерим» Рудольфа II от 6 мая 1597 г. делал частичные уступки лишь крестьянам Верхней Австрии: барщина ограничивалась двумя неделями в году, сбор при вступлении во владение был фиксирован. Эти полумеры, плохо соблюдавшиеся феодалами, вызвали новые конфликты.
Заключило эту цепь народных движений восстание солеваров, рудокопов и крестьян 1601–1602 гг. в г. Зальцкаммергуте против Контрреформации и ее социальных последствий. Оставшееся изолированным, оно потерпело поражение. Феодальная реакция торжествовала, но затишье оказалось кратким. Ярмо крепостничества, рост налогов, рекрутчина, сочетание турецкой и Тридцатилетней войн породили около 15 восстаний в разных землях с 1626 по 1650 г., в их числе крестьянскую войну 1626 г. и антикатолические выступления 1627 г. в Верхней Австрии, восстание 1635 г. в Крайне и Штирии против роста барщины, волнения из-за налогов в округе Зальцбурга в 1645–1647 гг.
В Швейцарском союзе в послереформационный период сложились протестантские и католические кантоны. Стабильность последних подкрепляли союзы с Савойей (1560 г.), папой Римским (1565 г.) и Испанией (1587 г.). В 1586 г. католические кантоны создали свой региональный «Золотой союз». Но борьба Реформации и Контрреформации не прекращалась, и в ней активно участвовали народные массы. Усиление олигархии в городских магистратах протестантских кантонов стало повсеместным явлением, возрос их налоговый нажим на сельские общины, что вызвало ряд антиналоговых восстаний: в 1591 г. — в сельских округах Берна и Базеля; в 1599 г. — в сельской округе Цюриха; в 1641–1645 гг. — в Берне и округе Цюриха. В 1555 г. в Женеве произошло вооруженное выступление «либертинов» против режима Кальвина.
В средиземноморском регионе, как и в германских землях, развитие приобрело специфический попятный характер. Итальянские земли остались политически раздробленными, а Неаполитанское королевство и герцогство Миланское — в руках испанцев. Пестрота форм социально-экономического и политического развития различных областей усилилась под влиянием Итальянских и Тридцатилетней войн: в совокупности с иноземным владычеством они осложнили общий ход событий, увеличивали воздействие таких факторов, как рост налогов, голод, военные опустошения.
В XVI в. голодные бунты вспыхнули в 1528 г. в Милане, в 1581 г. — в Венеции, неоднократно повторялись с 1508 по 1582 г. в Неаполитанском королевстве. В Неаполе в 1582 г. восставшие разгромили много домов знати, убили крупного спекулянта зерном, окружили дворец вице-короля, требуя хлеба и справедливости; в движение втянулся плебс, ремесленники, окрестные крестьяне и даже часть «почетных граждан». Вице-король вынужден был ограничить вывоз зерна, улучшить снабжение города продуктами. Когда восстание стихло, городские нобили устроили резню повстанцев.
Рост налогов послужил толчком к восстаниям 1516–1517 гг. в Палермо, в 1532 г. — в Парме, в 1532–1533 гг. — в Неаполе. Вспыхивают и восстания против иноземного гнета: в 1506–1507 гг. — против французов в Генуе; в 1517, 1523 и 1527 гг. — против испанцев в Сицилии; в 1527–1530 гг. — во Флоренции; в 1546 г. — в Лукке, Пизе, Сиене — против Медичи, опиравшихся на Испанию; в 1564–1569 гг. — на Корсике. Обычно они сопровождались выступлениями городской бедноты против засилья патрицианских олигархий. В 1531–1532 гг. произошли волнения в Лукке, а в 1581 г. — рабочих-текстильщиков и рабочих венецианского арсенала.
XVI век в Италии в противоположность XV–XIV вв. не был отмечен крупными крестьянскими восстаниями, однако возникали локальные конфликты: в 1509–1511 гг. — антисеньориальные выступления во владениях Венеции; в 1524–1525 гг. как отзвук на германские события — во Фриуле и Тренто; в 1512–1513 гг. — против произвола баронов в разных частях Неаполитанского королевства.