К 80-м годам сеньориальная реакция и Контрреформация достигают апогея; натиск на поземельный и личный статус крестьян, рост налогов порождают конфликты. Лишь имперский налог «ремермонат» возрос за 1556–1606 гг. примерно в пять раз: это было причиной многих крестьянских выступлений в Вестфалии, Вюртемберге, ранее спокойных Баварии, Швабии. В общине Овинген в 1584–1596 гг. конфликт из-за размеров барщины привел к коллективному уходу ее жителей в соседние владения; в 1593–1596 гг. волнения среди крестьян в сеньориях Гогенцоллернов вызвала разверстка налогов, в 1596–1608 гг. волнения и восстания — сбор «турецкого» и других налогов в землях Трухзеса фон Вальдбурга; 1596 год отмечен волнениями крестьян в графстве Хааг (Бавария), сеньориях Ротенфельс и Штауфен (Швабия). Сведения о социальной и классовой борьбе крестьян в «сеньориальной» зоне в первой половине XVII в. немногочисленны: в Роттенберге (Верхняя Швабия) крестьяне восстали против контрреформационных акций епископа Аугсбургского в 1605–1608 гг. Голодные и антиналоговые бунты, столкновения с мародерами происходили в условиях опустошений и насилий Тридцатилетней войны.
Ареной постоянных конфликтов из-за размеров барщины, личного закрепощения, пользования альмендами были все области, где шло становление поместно-крепостнического строя. Особой остроты они достигли в Лаузице в 1527–1532, 1539, 1548–1554, 1561–1565, 1593 гг. В 1548 г. восстали местные крестьяне-сорбы; они избрали своего «краля», собрали войско, установили союз с плебсом г. Луккау, стремясь поставить общины области Луккау под прямую власть императора. Восстание подавили объединенные силы фогта, дворян и больших городов. Небольшие городки принимали сторону восставших крестьян. Менее значительные волнения легче подавляли; сказывались и этнические различия между крестьянами-сорбами и немцами — феодалами и горожанами.
Борьба крестьян против крепостничества во второй половине XVI — первых десятилетий XVII в. не ослабевала. К 1561–1564 и 1579–1580 гг. относятся волнения, вызванные ростом барщины в поместьях Бранденбурга и Померании и др. В Бранденбурге ландграфский суд с 1560 по 1620 г. рассмотрел до 600 жалоб крестьянских общин на произвольные барщины, злоупотребления помещиков в пользовании альмендой, закрепощение. Местами барщина достигала пяти дней в неделю. Бедствия Тридцатилетней войны помещики использовали для массового сгона крестьян с земли и их полного закабаления.
Восстания в крупных городах германских земель в послереформационный период и до середины XVII в. редки. Бюргерство и патрициат в них в это время скорее сосуществовали с сословно-территориальной, а затем регионально-абсолютистской государственностью, чем противостояли ей. Крестьянские восстания они поддерживали обычно лишь ради собственной выгоды. Особое место занимает восстание в Любеке 1528–1535 гг., возглавленное Вулленвевером. Органическая его связь с уже подавленной раннебуржуазной революцией сомнительна. Инициаторы восстания — городские низы и цеховый люд — были вскоре отодвинуты на задний план, их интересы и замыслы Вулленвевера не имели ничего общего. Датским крестьянам союз с ним принес лишь одни бедствия. Идеи восстановления былого могущества Ганзы на средневековой основе оказались несбыточными, шли вразрез с общим ходом развития, обрекали на неудачу поиски Вулленвевером опоры в других ганзейских городах и скандинавских странах. Победительницей вышла коалиция феодальных сил скандинавских государств и Пруссии.
Наследственные земли Габсбургов — Австрия, Штирия, Кроация, Крайна, Шварцвальд, Тироль, отличавшиеся пестротой социально-экономических отношений, в XVI — середине XVII в. испытывали сильное давление османов, вели изнурительные войны, стали ареной Реформации, а затем Контрреформации и превратились в зону повышенной социальной напряженности. Прямо или косвенно эти области были затронуты событиями Крестьянской войны; к последующим годам относится цепь крестьянских восстаний: 1530 г. — попытка восстания в Триберге в Шварцвальде; 1539,1548,1550–1554 гг. — волнения в Шпиталь-ам-Пирн в Верхней Австрии; 1561–1562 гг. — восстание в Тироле во главе с Доссером; 1564 г. — восстания в Зальцбурге и окрестностях против Контрреформации и целая серия подобных конфликтов в других областях. Эти выступления подготовили большое крестьянской восстание 1572–1573 гг., охватившее Кроацию, Крайну, Штирию и Гёрц — приграничные области с преимущественно славянским населением, которое вело тяжелую борьбу с турками и не желало становиться крепостными австрийских феодалов. Талантливый вожак восставших Матэ Губец прославился в борьбе против турок. Его программа предусматривала уничтожение феодального строя и создание свободной «Виндской крестьянской республики» под главенством императора. В феврале 1573 г. войско восставших было разбито карателями, уничтожившими население целых деревень, которые затем заселялись крепостными.