Не достигнув своих целей в борьбе против Англии и не завершив покорения Нидерландов, Филипп II ввязался в новую войну с интервенционистскими целями уже во Франции, где внутреннее положение резко обострилось после смерти герцога Анжуйского в июне 1584 г. По непреложным правилам французского престолонаследия наследником трона стал глава гугенотов Генрих Наваррский. Уже 31 декабря 1584 г. Католическая лига заключила секретный договор о союзе с Испанией, а Генрих начал рассылать своих эмиссаров в Англию, Данию, Германию. В январе 1587 г. он вступил в союз с Иоганном-Казимиром Пфальцским, осуществившим осенью того года новое (четвертое по счету за период гражданских войн) вторжение во Францию, окончившееся на этот раз поражением. Когда же после убийства Гизов по приказу Генриха III против династии Валуа восстал Париж и ряд вступивших в Католическую лигу крупных городов Франции, Генрих Наваррский оказался союзником короля. В августе 1589 г. Генрих III был убит, и вождь гугенотов стал королем Генрихом IV. К марту 1590 г. Филипп II объявил о военной помощи лиге: войска роялистов одерживали победы, вскоре они осадили Париж, оказавшийся в очень трудном положении. Голодавшая столица уже готова была начать переговоры с Генрихом IV. В августе 1590 г. во Францию вторглась с севера большая испанская армия во главе с наместником Нидерландов выдающимся полководцем Александром Фарнезе. Ему удалось прорвать блокаду Парижа, и Генриху IV пришлось оставить попытки овладеть городом, где с февраля 159 1 г. разместился испанский гарнизон. Новое вторжение Фарнезе заставило короля в апреле 1592 г. снять осаду Руана. Особый испанский отряд высадился и закрепился в Бретани.
Кроме Испании, во французские дела вмешалась Савойя, еще в 1588 г. отнявшая у Франции ее последнее владение в Италии — маркизат Са-луццо. В 1590 г. савойская армия вторглась в Прованс и в марте следующего года даже заняла Марсель, но затем стала терпеть поражения в боях с роялистами. Зато Генрих IV получал военную и финансовую помощь из Англии; английские солдаты сражались против испанцев в Нормандии и Бретани. Прислали ему свой вспомогательный отряд и голландцы.
Военная помощь, оказанная Филиппом II лигерам, оказалась достаточной лишь для того, чтобы затянуть войну, не допустить быстрой победы Генриха IV. Нанести решительное поражение королю-гугеноту испанская армия была не в состоянии. Зато испанцам пришлось резко ослабить свои военные усилия в Нидерландах, и этим воспользовались голландцы, одержавшие в 1591–1592 гг. ряд важных побед под командованием Морица Нассауского. Укреплялись и позиции Генриха IV: к примирению с ним стала склоняться крупная парижская буржуазия. Вступая в войну, Филипп II надеялся посадить на французский трон свою дочь от брака с французской принцессой — инфанту Изабеллу, внучку короля Генриха II; выбор ее супруга и будущего короля Франции также должен был зависеть от воли Филиппа. Эти предложения были официально выдвинуты Испанией в 1593 г. перед собравшимися в Париже лигерскими Генеральными штатами, но они не имели никаких шансов на успех. Было уже известно обещание Генриха IV перейти в католицизм, что вскоре и совершилось. На сторону короля перешли основные лигерские города; в марте 1594 г. он вступил в Париж. В январе 1595 г. Генрих IV объявил войну Испании и заключил в мае 1596 г. союзный договор с Англией, к которому затем присоединилась и Республика Соединенных провинций.
Общий итог войны тогда был уже ясен. Гегемонистские планы Испании в отношении Англии и Франции, ее попытки покончить с независимостью Северных Нидерландов безнадежно провалились. Но и союзники не были достаточно сильны, чтобы изменить характер войны, превратив ее в наступательную. Франция первой поняла это, заключив в мае 1598 г. (за четыре месяца до смерти Филиппа II) сепаратный Вервенский мир с Испанией и Савойей на основе статус-кво. Отношения Франции с Савойей были окончательно урегулированы лишь в 1601 г., после короткой войны 1600–1601 гг., когда савойский герцог получил Салуццо в обмен за уступленные им соседние с Лионом франкоязычные территории Бресс, Жекс и Бюже — логичное решение, вполне соответствовавшее политике Генриха IV, который провозгласил свое принципиальное право владеть всеми землями, где население говорит по-французски. Выход Франции из войны не означал разрыва ее союзнических отношений с Республикой Соединенных провинций; Генрих IV продолжал оказывать ей финансовую помощь. Франко-голландский союз стал традицией, одной из доминант политической жизни Европы на ближайшие три четверти века.
Англо-испанская война продолжалась до 1604 г. К концу ее испанцы приобрели определенный опыт борьбы с англичанами на море и английские корсары стали терпеть неудачи. Война явно затянулась, стала очень обременительной, и окончание ее было встречено в Англии с облегчением. К тому времени уже умерла Елизавета (1603 г.), и ее преемник Яков I Стюарт, сын казненной Марии, объединил в унии Англию и Шотландию.