Популярный протестантский учебник по гражданской истории создал И. Слейдан (1505–1556). Он описал «состояние религии и государства» при императоре Карле V, т. е. историю Реформации. Широко пользуясь архивными материалами, он пытался избежать пристрастности. Однака и подбор фактов, и характерные умолчания выявляют его лютеранские идеалы.
Протестанты поставили ряд проблем, прежде не привлекавших внимания немецких историков. Р. Рейнек, следуя за Меланхтоном в разделении «священной» и «политической» истории, одним из первых в Германии (1583 г.) выделяет в особую отрасль историю языков, наук и искусств, т. е. историю культуры. В. Кеккерман в начале XVII в. сделал попытку выяснить специфику исторического познания. Его скептические выводы, что история в отличие от наук о природе познает единичное, неспособна применять точные методы и устанавливать законы, были формой критики и гуманистов, и конфессиональных историков, отражали возросшее значение естествознания, которое начинает определять самое представление о научности.
В протестантской историографии существовала и кальвинистская ветвь. Развитию кальвинистской церкви и жизнеописанию Кальвина посвятил свои сочинения швейцарский реформатор и драматург Т. Беза (1519–1605), один из главных авторов этого направления. Значение местной католической историографии возросло в регионе лишь в первой половине XVII в., когда в Антверпене эрудиты из ордена иезуитов основали крупную серию изданий «Жития святых». Широко используя источники, они подчиняли свою работу апологетике католицизма.
Развитие философской мысли во второй половине XVI в. сковывалось жестким контролем церквей, возрождавших схоластические традиции. Не случайно ряд новых явлений в натурфилософии, антропологии, понимании исторического процесса осмыслен прежде всего противостоявшими всякой официальной догматике выразителями мистико-пантеистических идей.
Выдающийся швейцарский врач и алхимик Т. Парацельс (1493–1541} стремился связать натурфилософию и опытные знания. Одухотворяя природу, наделяя ее антропоморфными признаками, он подчеркивал единство мироздания, соответствие между макрокосмом и человеком. Характерной чертой учения Парацельса стал культ неутомимой творческой активности человека в постижении тайн природы, «света натуры», триединый принцип — «мочь, знать, уметь».
Философ и историк С. Франк (1489–1542) в борьбе против церковной догматики и обрядности опирался на спиритуалистическую идею о вечна действующем в истории и религиозно-нравственном мире человека Божьем духе, «внутреннем слове». На основе представлений о «Христе в нас» он рассматривал все религии и церкви как равноценные.
Традиции Парацельса и Франка сказались в творчестве В. Вейгелм (1533–1588), призывавшего «познать в себе мировое целое» и обращавшегося к Богу: «Ты во мне, я в Тебе». Его последователи рассматривали официальную церковь как чисто внешнее установление, не затрагивающее внутреннюю религиозность, противопоставляли «истину» своей секты ортодоксии, но не шли дальше пассивного сопротивления ей.
Мистико-пантеистическим характером отличалась и теософия Якоба Бёме (1575–1624), подвергавшегося преследованиям духовенства. Рассматривая проблему соотношения Бога и мира, он развивал в поэтических образах диалектическое учение о «самораскрытии» Бога в природе на основе «саморазделения». Это учение вело к представлениям о тождестве Бога и природы, вне которой ничего нет. Признавая, что Бог пребывает в каждом, кто живет свято, Бёме своей этической трактовкой христианства подрывал основы вероисповедных различий. Идеи Бёме, оказав влияние на развитие европейской философии, сказались на формировании диалектики Гегеля и Шеллинга.
Общественно-политическая мысль в регионе богата утопическими построениями. В отличие от Англии и Италии в немецких землях наиболее радикальные утопии развивались не на гуманистической основе, а в виде реформационных программ. Важнейшие из них связаны с периодом Крестьянской войны и последующим десятилетием, когда революционное решение общественных противоречий оказалось невозможным и усилилась роль оппозиционных утопических чаяний. При общей антифеодальной направленности они отличались значительным разнообразием. Один из вождей повстанцев — М. Гайсмайр требует установления народной власти в Тироле и рисует идеальный строй в пределах этой области, в то время как нюрнбергский книгопечатник Г. Гергот создает проект уничтожения частной собственности во всем «земном царстве». Ссылаясь на откровение Божие, он пророчит грядущее социальное и имущественное равенство людей, народное самоуправление, противопоставляет порядкам, существующим в Германии, идеал общества без дворянства, духовенства, монашества, где все должностные лица избираются народом, а система управления централизованна. Парацельс в начале 1530-х годов разрабатывает идею всеобщего уравнительного земельного передела и устранения всех властей, кроме императора, как общественного распорядителя «Божьей» землей.