В XVI в. шло накопление капиталов не только в городах и торгово-ремесленных селах и посадах, но и в поморской деревне. Представители богатой верхушки крестьян Двинского уезда широко скупали земли у своих обедневших соседей, владели обширными рыбными ловлями. Однако в стране, где развитие феодализма шло еще по восходящей линии, в направлении закрепощения крестьян, имущественное расслоение в северной деревне не могло привести к возникновению капиталистических отношений.
Наметившаяся в XVI и углубившаяся в XVII в. порайонная специализация ремесел не была абсолютной, но она, безусловно, способствовала развитию торгового обмена между областями. В этом процессе особую роль играли торговцы, осуществлявшие связь одного областного рынка с другим, главным образом купцы-скупщики, но иногда и производители, выезжавшие торговать своим товаром в более или менее отдаленные места.
Общий подъем внутренней торговли в XVI — первой половине XVII в. нашел отражение в росте цен и увеличении доходов таможен. За XVI в. цепы на сельскохозяйственные продукты возросли в 3–4 раза, на изделия ремесла — вдвое. Основные волны повышения цен в XVI в. приходятся на 20—30-е, 50-е годы, конец 70-х —80-е годы. В 60-х годах, а затем в первой половине 90-х годов наблюдается понижение цен. Цены на ремесленные товары понижались слабее, чем цены на продукты земледелия. Обороты внутренней торговли на городских рынках первой половины XVII в. неуклонно росли, о чем свидетельствует увеличение доходов таможен. Так, доход нижегородской таможни вырос с 12 183 р. в 1615 г. до 33 335 р. в 1645 г., т. е. почти втрое за 30 лет.
Однако развитие внутренней торговли в XVI — первой половине XVII в. замедлялось воздействием феодальных отношений. Недостаточно был развит кредит. Ссуды давались под большие проценты (обычно 20 %). Торговые операции и проезд облагались многочисленными пошлинами. Все торговцы делились на местных, иногородних и «иноземцев», под которыми в таможенных грамотах подразумевались жители не Московской, а других русских земель и зарубежья. В наименьшем размере пошлины взимались с местных, в наибольшем — с «иноземцев». От пошлин в ряде случаев особыми жалованными грамотами освобождались привилегированные торговцы — прежде всего монастыри.
В 1653 г. Торговый устав упразднил все разнообразные таможенные пошлины и заменил их единой «рублевой» пошлиной, составлявшей для русских купцов 5 %, а для иностранцев 6 % стоимости товара. Прежние проездные пошлины отменялись, иностранцы должны были платить 2 % стоимости товара за привоз и вывоз. Унификация таможенных пошлин и проведение принципов протекционизма в отношении русских купцов свидетельствуют о весьма значительном уровне развития внутренней торговли к середине XVII в.
В XVI — первой половине XVII в. Российское государство вело торговлю со многими европейскими странами. Торговые связи с ганзейскими городами, Скандинавией, Прибалтикой, Великим княжеством Литовским и др. были дополнены в середине XVI в. торговлей с Англией и Голландией, с 80-х годов XVI в. — с Францией. Торговля велась через балтийские порты (Ревель, Рига, Нарва), Смоленск, со второй половины XVI в. — также через устье Двины и мурманское побережье. Особое значение приобрел Архангельск, построенный в 80-х годах XVI в. в устье Двины и ставший основным портом для торговли с Англией и Голландией. Связи с этими странами во второй половине XVI — первой половине XVII в. играли первенствующую роль в русско-западноевропейской торговле. Посредническая торговля, особенно при участии голландцев, способствовала товарообмену с Испанией и другими странами, с которыми не было прямых регулярных торговых отношений. В Англии для торговли с Россией и Персией была основана специальная торговая компания, получившая в 1555 г. учредительную королевскую грамоту; она сразу же стала известна под неофициальным названием Русской или Московской компании. Во второй половине XVI в. и позднее эта компания пыталась монополизировать русский внешний рынок. Особенно острую борьбу с англичанами вели голландские купцы.
Состав товаров, ввозившихся в Россию и вывозившихся из нее, отличался большим разнообразием. Ввозились ткани, металлы и металлические изделия, в том числе деньги, предметы вооружения, драгоценности, продукты питания, химикалии и лекарственные вещества, стеклянная утварь, бумага, некоторые меха и др. Среди тканей главное место занимали сукна различных сортов и разного происхождения. Даже самое дешевое импортное сукно стоило в конце XVI в. дороже самого дорогого местного сукна. Импортировались некоторые шелковые (атлас, бархат и др.) и хлопчатобумажные ткани (миткали, киндяки), но их удельный вес в западном ввозе не идет в сравнение с удельным весом сукон. Только в середине XVII в. сукна были несколько потеснены голландским полотном.