Панин не получил удовлетворительного ответа на свои вопросы. Московский чиновник с удивлением констатировал, что в государственном архиве для этого не хватало документов. Он не знал, что в то же время в Оружейной палате хранился какой-то старательно опечатанный ящик. Да и кому бы пришлось в голову усматривать здесь связь с царевной Софьей. Понадобилось еще 70 лет, чтобы ящиком по чистой случайности заинтересовался Николай I и выяснил, что перед ним знаменитое розыскное дело о дьяке Шакловитом и его сообщниках — история неудавшегося переворота Софьи.
Видно, многое представлялось здесь императору достаточно сомнительным, если вместо того, чтобы передать ящик в архив, он переслал его министру Блудову с приказом лично в нем разобраться. Шесть лет Блудов пытался привести в порядок безнадежно путанные и поврежденные столбцы. К тому же в ящике была явно только часть дела. Все остальное по непонятной причине исчезло из государственного хранения. Ходили слухи, что аналогичные документы имеются в собрании известного музыканта пушкинских лет М.Ю. Виельгорского, но тот не пошел навстречу желанию императора сопоставить их с обнаруженными материалами.
Время шло. Блудовская часть стала доступна исследователям, и по ней написали свои работы М.П. Погодин, В.С. Соловьев, многие другие. Но когда в 1881 году попало наконец в музей собрание Виельгорского, выяснилось, что это и есть пропавшая часть дела Шакловитого. Мало того. Соединенное воедино, научно обработанное дело воссоздавало совсем иную картину времени и событий, чем нарисовали себе поторопившиеся с выводами историки.
Софья рвалась к власти. Но чего ей действительно не хватало, так это умных дальновидных соратников. Высокообразованный, прекрасно разбирающийся в дипломатии, но мягкий и нерешительный Василий Голицын, предпочитавший всем перипетиям государственного правления спокойную и удобную жизнь в своем фантастическом по богатству московском дворце на углу Охотного ряда и Тверской. Недаром же в глазах французского посланника это ни много ни мало дворец «какого-нибудь итальянского государя» по количеству картин, скульптур, западной наимоднейшей мебели, книг, витражей в окнах.
Наглый, бесшабашно храбрый и алчный Федор Шакловитый, целая вереница бояр, склонных скорее наблюдать, чем участвовать в действиях царевны. Те, прежние, фактические правительницы на Руси всегда имели опору в лице мужа — законного князя, царя, еще лучше — сына, уже венчанного правителя. Невенчанная девка — другое дело. С ней лучше было повременить. Да и поступки Софьи исключали какую бы то ни было помощь. Подобно Петру, она не умела ждать, все хотела делать тут же и сама. Федор Шакловитый признается под пыткой: «Как де были польские послы, в то время как учинился вечный мир, и великая государыня благоверная царевна приказывала ему, Федьке, чтоб имя ее, великий государыни писать обще с великими государями… и он с того числа приказал площадным подьячим в челобитных и в приказе ее великую государыню писать же». Частенько колеблются в своей помощи царевне стрельцы — их-то надо было все время ублажать, «остаются в сумнительстве» ближайшие придворные, и опять Софья сама властно диктует, чтобы в 1689 году «в день де нового лета на великую государыню благоверную царевну и великую княжну Софию Алексеевну положить царский венец».
Торопили все усиливающиеся нелады с Нарышкиными и их партией, торопила и своя неустроенная личная жизнь. Законы церкви и Домостроя, исконные обычаи — их Софья преступила без колебания, отдав свое сердце Василию Голицыну, недостойному царевны по роду, да еще женатому, с большой семьей. Страшно для нее было другое — князь Василий любил свою семью, был привязан к жене, княгине Авдотье. И хоть откликался он на чувство царевны, ей ли не знать, что окончательного выбора в душе он не делал, да и хотел ли. Пока его могла удержать только сила царевниной страсти: «Свет мой, братец Васенька, здравствуй, батюшка мой, на многие лета! А мне, свет мой, не верится, что ты к нам возвратишься; тогда поверю, когда в объятиях своих тебя, света моего, увижу… Ей, всегда прошу бога, чтобы света моего в радости увидеть».
И все-таки Софья прежде всего правительница, государственный человек. Как ни страшно за «братца Васеньку», как ни тяжело по-бабьи одной да еще с письмами зашифрованными, писанными «цыфирью», она отправляет Голицына в Крымский поход. Борьба с турками — условие Вечного мира с Польшей, и нарушать его Софья не считала возможным. К тому же лишняя победа укрепляла положение и страны и самой царевны, приближая желанный царский венец. Вот тогда-то и можно было отправить постылую княгиню Авдотью в монастырь, а самой обвенчаться с князем. Иностранные дипломаты сообщали именно о таких планах царевны.